Новая система управления, по его мнению, была более зависима от личных качеств министров, их способностей и субъективного отношения к исполнению своих обязанностей. Для снижения такой зависимости В.П. Кочубей предлагал законодательно закрепить принцип личной ответственности министров за положение дел в подвластной им отрасли. Данный принцип означал, что министры сохраняли бы возможность проявить необходимую в процессе реформирования инициативу и в равной степени имели право прямого обращения к императору. С другой стороны, в целях предупреждения злоупотреблений властью Кочубей считал нужным «принять за правило», что все министры, вне зависимости от степени личного благорасположения к ним государя, должны были бы в случае, если они не справлялись со своими служебными обязанностями, незамедлительно отстраняться от занимаемых ими должностей.
По мнению В.П. Кочубея, серьезным недостатком проведенной реформы системы управления было не только отсутствие личной ответственности министров за положение дел в подвластной им отрасли, но и несогласованность действий правительства, результатом которой были низкая скорость реализации принятых решений и слабый контроль за их исполнением. Анализируя деятельность правительства за 1802–1806 годы, он призывал императора более четко определить границы компетенции и порядок взаимоотношений различных министров как между «собою, чтоб каждый знал точные пределы своей власти», так и с Комитетом министров, Государственным советом и Сенатом.
В развернутом виде предложения В.П. Кочубея по совершенствованию системы управления были изложены в записке «О положении Империи и мерах к прекращению беспорядков и введению лучшего устройства в разных отраслях, правительство составляющих» (1814). В этом документе он признавал необходимость заимствования отдельных элементов системы управления в развитых странах Европы. Для приведения отечественной системы управления в соответствие с европейскими аналогами в первую очередь нужно было реализовать принцип разделения властей на «законодательство, управление и судоведение». Целесообразность данной меры подтверждалась историческим опытом стран с разными культурными традициями. По словам Кочубея, с небольшими вариациями принцип разделения властей действовал во Франции, Англии и даже в Турции, что подтверждало его применимость, «какова бы ни была форма правительства».