На съезде Конституционно-демократической партии (Партии народной свободы), состоявшемся в преддверии созыва I Думы (апрель 1906 года), конкретного решения о структуре фракции не было принято. Декларировались только общие принципы, формулируемые в духе постановлений IV съезда предшественника кадетов – Союза освобождения. Союз полагал, что его члены «могут вступать в Думу не ради участия в повседневных законодательных работах, а исключительно с целью борьбы за введение в России действительных конституционных свобод и учреждений на демократических основах, не стесняясь при этом перспективой возможности открытого разрыва с существующим правительством».
Работу по непосредственной организации деятельности фракции взял на себя Центральный комитет партии. 26 апреля на общефракционном собрании Милюков предложил избрать Временный комитет фракции из 10 человек на го дней, п мая 1906 года уже в постоянный состав Комитета было избрано 19 человек. 15 мая они определились с кандидатурами своих руководителей: председатель И.И. Петрункевич, его товарищи (заместители) М.М. Винавер и В.Д. Набоков, секретарь фракции А.С. Медведев.
Позиция Петрункевича как председателя Комитета во многом определяла политическую физиономию фракции. За 72 дня функционирования I Государственной думы Петрункевич выступал с трибуны пять раз. Выступления эти получили широкую известность и были изданы в 1907 году специальной брошюрой.
Эта брошюра начинается со знаменитой речи об амнистии – первого выступления, прозвучавшего с трибуны Государственной думы в день ее открытия, 26 апреля 1906 года. В тот день депутаты встретились с императором в Зимнем дворце, а затем направились в Таврический дворец, где должно было пройти первое заседание Думы. Плывшие на корабле по Неве депутаты миновали знаменитую петербургскую тюрьму «Кресты»; впечатление, произведенное тысячами, как казалось депутатам, простертых к ним оттуда рук, было настолько сильным, что согласованную ранее программу первого заседания решили изменить.
Сразу после избрания С.А. Муромцева председателем Государственной думы на трибуну поднялся И.И. Петрункевич и произнес речь об амнистии. «Долг чести, долг нашей совести повелевает, – сказал он, – потребовать амнистии для всех политических заключенных… Свободная Россия требует освобождения всех пострадавших». Очень короткое и сильное, это выступление действительно могло служить образцом ораторского искусства.