20 октября 1910 года, менее чем за два месяца до кончины, Василий Андреевич выступил в думской дискуссии по проекту закона, внесенного министром народного просвещения, о начальных училищах. Комиссия по народному образованию во главе с октябристом фон Анрепом предложила, чтобы все церковно-приходские школы, входящие в сеть всеобщего обучения, были переданы в ведение Министерства народного просвещения и подчинялись уездным и губернским училищным советам. Правые и националисты увидели в этом новое посягательство на Православную церковь. «Ради самого Господа, во имя спокойствия и блага нашей родины, в великом и святом деле народного воспитания не делайте таких опасных экспериментов!» – восклицал епископ Евлогий. «Неужели вы думаете, что, колебля авторитет церковный, можно служить делу порядка? Колебля авторитет церковный, мы служим делу революции», – вторил ему националист В.Н. Львов, призывавший сохранить автономию православия в деле народного образования.
Оппонируя Львову, Караулов заявил: «Это не церковная автономия, а вавилонское пленение церкви… не вселенское православие, а цезаропапизм». Епископу же Евлогию, который заявил, что подчинение церковных школ есть покушение на заповедь Христа, сказавшего ученикам «шедше убо научите вся языки», он заметил: «Да, Христос сказал это ученикам, и ученики, нищие галилейские рыбаки и сирийские ремесленники, пошли, не в карете цугом в предшествие колокольного звона, а босиком, не в пышных одеждах из шелка, а в рубище, имея только Христово слово и непоколебимую веру в его силу. Они пошли и совершили историческое чудо: к стопам Господа и Учителя своего они повергли гордый Рим и принадлежащий ему тогдашний мир; они совершили это чудо не властью государства, которое их гнало, мучило и убивало, и власти от этого государства они не просили… Они знали, что церковь тогда только будет оказывать благотворное влияние на человеческое общество и разовьет всю свою духовную мощь, когда она будет церковью, а не ведомством».
В.А. Караулов выступил и на втором чтении законопроекта, 26 ноября 1910 года – за три недели до смерти. На этот раз он охарактеризовал клерикалистскую часть церковной иерархии, тесно смыкающуюся с политическим черносотенством: «В этой среде идеал не жизнедеятельность общества, не жизнедеятельность народа, а тленное спокойствие могилы. Они довели до маразма церковь, и теперь они хотят привести в столь же блестящее положение и государство.