Среди его философских положений выделяются два, которые упоминаются у Аристотеля. Первое положение: начало всех вещей – вода. Примерно похожее высказывание есть у Гомера, который говорил, что «Океан всему прародитель». Тем не менее именно Фалеса мы считаем философом, а Гомера нет. Почему? У Гомера Океан, вода как стихия, стоит у начала родословия богов, т. е. вода есть только генетическое начало мира. Фалес же считает, что вода есть начало онтологическое, т. е. тот элемент, та субстанция, которая лежит в основе всех вещей. Фалес первым поставил вопрос о субстанции, о том, что лежит в основе многообразия нашего мира. То, что мир многообразен и полон огромного количества предметов, для всех очевидно. Проблема возникает тогда, когда мы поставим вопрос: а не лежит ли в основе этого многообразия нечто единое, объединяющее все эти предметы? И если лежит, то что это такое? То, что объединяет все многообразие предметов и лежит в его основе, называют субстанцией, или по-гречески ὑπόστασις, что дословно можно перевести как «под-лежащее, лежащее под». Правда, эти термины возникнут позднее, а пока первые философы используют термин «первоначало», ἀρχή. Фалес первым поставил этот вопрос и первым дал на него ответ, сказав, что в основе всего лежит вода. На основании этого в советской литературе делался вывод (как увидим, совершенно необоснованный), что Фалес в основе своей стихийный материалист.
Аристотель, цитируя Фалеса, размышляет, почему Фалес началом всех вещей посчитал воду. Аристотель указывает, что Фалес не мог не заметить, что в основе жизни лежит вода: пища содержит воду, сперма всех живых существ влажная, что все живое рождается из воды и живет за ее счет (См.: Метафизика, I, 3).
Второе положение Фалеса – «все полно богов» (Аристотель. О душе, I, 5). Доказательство этого Фалес находил в том, что магнит притягивает к себе железо. Следовательно, поскольку душа – это двигательное начало, а магнит движет железо, то в магните есть душа. Значит, душа есть у любой вещи – не только у животных, но и у так называемых неживых вещей. Иначе говоря, жизнью обладает любая материальная вещь (такая концепция, приписывающая жизнь неживым предметам, называется гилозоизмом, от греческих слов ὕλη – материя и ζωή – жизнь). Поэтому одушевлено всё, так что, цитирует Фалеса Анахарсис у Плутарха, не стоит удивляться тому, что «промыслом бога совершаются прекраснейшие дела» (Фрагменты, с. 115). Бог – это ум космоса, и космос прекраснее всего, ибо он творение бога. При этом можно считать, что Фалес представлял собою адепта религии Зевса, ибо иначе невозможно представить себе человека, интересующегося явлениями земного мира. Ведь для религии Диониса земной мир ложен, а истинную ценность он имеет лишь для сторонников зевсово-аполлоновской религии. Таким образом, так называемый «стихийный материализм» Фалеса и его учеников есть не что иное, как особенность религии Зевса – Аполлона, считавшей мир Аида царством теней и достойным жизни (и, следовательно, и изучения) лишь мир материальный.