Первоначалом мира, по Гераклиту, является огонь. Мир не вечен и через каждые 10 800 лет сгорает (10 800 лет – это мировой год; его длительность получается от перемножения количества дней в году (360) на 30 – количество лет, за которое одно поколение сменяет другое). Из огня возникает следующий мир на основании обычных превращений: огонь превращается в воздух, воздух – в воду, вода – в землю. Таким образом, космос в целом вечен, его «не создал никто из богов, никто из людей, но он всегда был, есть и будет вечно живой огонь, мерно возгорающий, мерно угасающий» (фр. 51). Таким образом, логос, управляющий миром и составляющий его начало, также имеет огневидную природу. Собственно говоря, неудивительно, что, утверждая вечное изменение и полагая, что все состоит из противоположностей, Гераклит выбирает в качестве первоначала огонь, ибо ни одна из других стихий – ни вода, ни воздух, ни земля – не находится в вечном движении и изменении так, как огонь. Любая стихия может остановиться, застыть, огонь же всегда подвижен. Поэтому и основа этого вечного, непрекращающегося движения – огонь. Впоследствии это учение возобновится в стоической философии.
В отношении души Гераклит высказывает различные мнения. Иногда он говорит, что душа есть воздух, иногда – что душа есть часть логоса и огонь. Поскольку душа есть, с одной стороны, воздух, а с другой – имеет в себе огневидное начало, то «сухая душа – мудрейшая и наилучшая» (фр. 68). И наоборот, глупая, плохая душа – душа влажная. Жить нужно согласно разуму, логосу, который правит миром и который содержится в нашей душе. А «большинство [людей] живет так, как если бы у них был особенный рассудок» (фр. 23). Поэтому люди «не осознают того, что делают наяву, подобно тому как этого не помнят спящие» (фр. 1). Гераклит, таким образом, неявно признал существование некоторых законов мышления, не придав этому того значения, которое придаст Аристотель.
Отрицательно относился Гераклит и к современной ему религии, возражая против культов, мистики, однако веря в богов, в загробную жизнь, в то, что каждому будет воздано по заслугам. Для бога все прекрасно и справедливо. Люди же признали одно справедливым, другое – несправедливым. Таким образом, у Гераклита впервые встречается мысль о совершенстве всего мира, об абсолютной доброте бога и о том, что несчастье и несправедливость возникают только оттого, что они нам таковыми кажутся, ибо наше знание о мире неполно. То, что нам кажется злом и несправедливостью, для бога является справедливостью и гармонией.