В январе 1880 г. за доставление на Всероссийскую антропологическую выставку 1879 г. памятников истории и этнографии из Екатеринослава Петр Иванович Федотов удостоен серебряной медали Императорского общества любителей естествознания, антропологии и этнографии при Московском университете. Год спустя, в январе 1881 г., П. И. Федотов по расстроенному здоровью и по собственному прошению был уволен от должности секретаря Статистического комитета с оставлением на службе в канцелярии губернатора. 3 июля 1881 г. он удостоился ордена Станислава 3-й степени11.
В начале 1882 г. П. И. Федотов переехал в Саратов, где 3 января получил назначение правителем канцелярии губернатора. Очевидно, переезд был вызван приглашением саратовского губернатора действительного статского советника Алексея Алексеевича Зубова (1838 – 1904), в 1880 – 1881 гг. являвшегося Екатеринославским вице-губернатором и хорошо узнавшего Петра Ивановича по совместной службе12.
В январе 1883 г. Петра Ивановича Федотова пожаловали орденом Станислава 2-й cтeпeни, 2 января 1885 г. произвели в надворные советники, 24 марта 1885 г. удостоили ордена святого Владимиpa 4-й степени. В августе 1884 г. П. И. Федотов был избран действительным членом Саратовского губернского статистического комитета, а 2 июля 1886 г. назначен членом Саратовского губернского училищного совета от Министерства внутренних дел13.
1 января 1888 г. П. И. Федотов получил должность правителя дел правления Петербургского воспитательного дома. С 10 августа по 1 декабря 1889 г. он был делопроизводителем Особого совещания по вопросу о преобразовании воспитательных домов. 2 января 1889 г. П. И. Федотов получил чин коллежского советника, а 1 апреля 1890 г. – орден святой Анны 2-й степени. 21 июля 1890 г. Петр Иванович Федотов ушел в отставку, но через три месяца вернулся на службу, теперь уже в канцелярию ведомства императрицы Марии. Служба его там продолжалась недолго, уже 24 сентября 1890 г. он был переведен в Министерство внутренних дел и назначен старшим советником в Воронежское губернское правление (по своему положению среди местной иерархии пост этот шел вслед за вице-губернаторским)14, с 1892 директор попечительского о тюрьмах комитета, попечитель исправительного отделения, с 1893 статский советник. В 1894 получил потомственное дворянство по ордену святого Владимира 4-й степени, с женой и сыновьями был внесен в третью часть дворянской родословной книги Воронежской губернии.