В 1927 году исключен из партии за «бытовое разложение, выразившееся в систематическом пьянстве и неэтичных поступках в отношении некоторых ответственных работников». По воспоминаниям родственников, Емельян Петрович пил в кабаках, и, напившись, начинал прилюдно костить своих товарищей по партии. После этого был снят со всех должностей и работал слесарем-механиком на различных предприятиях Харькова.
По доносу руководителей Общества политкаторжан, в 1933 году был арестован и около года находился под следствием. Совместно с другими лицами, бывшими «красными партизанами», он шел по сфабрикованному УНКВД делу о «террористической контрреволюционной деятельности и подготовке восстания против Советской власти». Основу дела составляло эсеровско-троцкистское прошлое членов фиктивной группы «Союз красных партизан». Обвинение даже для тех лет было настолько нелепым, что приговор тройки ГПУ УССР оказался чрезвычайно мягким – всего лишь административная ссылка в Казахстан, г. Уральск на 3 года.
Абсурдность и фиктивность дела «красных партизан» была настолько очевидной, что к 1939 г. большинство из них освободили и полностью реабилитировали. Однако это не коснулось Е. П. Ганенко, так как в 1935 г он был снова арестован по другому делу, сфабрикованному уже Уральским НКВД за слишком острый язык и буйный характер, и провел два года в Уральской тюрьме. Осужден Верховным судом СССР по ст.58—10, 58—11 УК РСФСР на 5 лет лишения свободы (по другим данным – на 10 лет).
С 1937 по 1941 г Емельян Петрович провел в различных лагерях ГУЛАГА НКВД.
Умер в 1941 г в Ухте при невыясненных обстоятельствах.
В 1963 г реабилитирован Верховным судом СССР за отсутствием состава преступления.
Ю. Г. Марченко
Часть 1. Уральск, административная ссылка, 1934—1935 гг.
Уральск, 27.1.1934
Итак, дорогие мои, я утвердил свое знамя на земле Емельки Пугачева, прибыл сюда 26/1 благодаря попутчику, Алексею Георгиевичу, местному агроному, старожилу и уроженцу Казахстана, с которым я познакомился в пути из Саратова, и который на первое впечатление кажется очень порядочный человек, советский труженик типа Черепцова. Так думаю пока, какое мнение будет дальше, не знаю, да это не важно. Важно, что у него я получил в самый трудный момент приют и семейное радушное гостеприимство, которое особенно для меня ценно и важно после дорожных приключений, а приключения оказались для меня очень печальными.