Начало этого периода ознаменовано попытками переосмысления исторической роли Русской Церкви, ее отношений с государством, влияния на жизнь русского общества. Исследуются и отдельные аспекты церковной жизни. Примером таких трудов служит сборник, посвященный 1000-летию христианства на Руси[48], авторы которого ставят перед собой задачу трезвой оценки прошлого. В разделе, посвященном XIX в. (автор Б.В. Литвак), уделено внимание духовно-учебным реформам 1860-х гг. В реформе духовных академий 1869 г. автор усматривает «регрессивные» изменения: исключение физико-математических наук, посвящение выпускного курса «практике преподавания в семинариях» и т. д. При этом внутренние проблемы духовно-учебного процесса, обусловившие реформу, не принимаются во внимание.
Из последних по времени трудов этой группы выделим учебный курс В.А. Федорова: в нем представлен всесторонний обзор духовно-учебных реформ 1860—1880-х гг., но рамки учебного курса не позволили уделить внимание анализу причин, вызвавших конкретные положения этих реформ[49].
Вопросы духовно-учебных реформ 1860-х гг. затрагиваются в работах С.В. Римского, М.В. Никулина, отчасти А.В. Наместникова, С.И. Алексеевой[50], а 1880-х гг. – в работе А.Ю. Полунова[51]. В исследовании С.В. Римского, построенном на использовании как опубликованных, так и неопубликованных документов, духовно-учебные реформы рассмотрены в контексте церковных преобразований эпохи Александра II. При этом автор, оценивая результаты духовно-учебной реформы в целом, приходит к выводу, что, несмотря на повышение уровня образованности в духовенстве, она «нанесла Церкви ничем не поправимый вред»[52]. Но конкретные результаты реформы 1869 г. для высшего духовного образования и развития богословской науки не анализируются.
В работе М.В. Никулина высшее богословское образование рассматривается преимущественно в его отношении к общественной жизни, воспитанию и образованию приходского духовенства. Автор считает духовно-учебные преобразования 1867–1869 гг. наиболее последовательными из всех реформ эпохи графа Д.А. Толстого, но при этом реформу 1869 г. считает менее удачной, чем реформа семинарий, ибо академии получили «менее всего самостоятельности»[53]. Проблемы богословской науки и результаты проведения реформы 1869 г. в этой работе не рассматриваются.