Таким образом, опыт показал, что задачи, возложенные на академии Уставом 1814 г., слишком обширны и разнообразны, чтобы выполняться в соответствии с уставными параграфами. К середине 1850-х гг. часть из задач, поставленных Уставом 1814 г., уже не была актуальна, часть выполнялась лишь формально, действительность же поставила перед академиями и новые задачи, требующие официального закрепления. Кроме того, разнообразные постановления и указы Святейшего Синода, КДУ, ДУУ содержали правила, которые иногда прямо противоречили параграфам Устава.
Педагогическая задача лишила академии самостоятельности в учебных планах и поставила в прикладное положение по отношению к семинариям. Академии должны были дублировать специальное образование по многим направлениям: историческому, филологическому, физико-математическому. В дальнейшем же они должны были реагировать и на изменения семинарских программ. Но области небогословских наук, соприкосновенные с богословием, не могли развиваться в академиях тучно, вследствие замкнутости академического образования, разобщенности академий между собой, отсутствия контактов с тукой университетской. Педагогическая задача академий, таким образом, взяла верх над тучной, и духовным академиям не удалось стать академиями духовных наук. Наука в духовных академиях развивалась, но медленно, усилиями одиночек, а не систематически; духовно-образовательная система ученых-специалистов не готовила.
Наиболее болезненны были проблемы, связанные с учебным процессом. В документах, связанных с реформой 1808–1814 гг., специальным предметом занятий духовных академий называлась «ученость, сколь можно более приспособленная к наукам богословским»[136], а также присоединяемые к этой «учености» «изящные науки» (belles lettres) – словесность, риторика, философия. Но первый курс СПбДА изучал в равной степени все богословские и общеобразовательные науки, сгруппированные в шесть классов: богословский класс, философский, словесный, исторический, математический и класс языков. Это было точным повторением состава семинарского курса и объяснялось особой задачей преобразовательного периода: подготовка новых преподавателей, способных учить в реформированных школах. «Утомление тела и духа» духовного юношества заставило в 1810 г. поставить вопрос об иерархии наук в учебном плане академии, и было принято предложение профессора И. Фесслера – разделить науки на «коренные» и «вспомогательные» и установить для них разное число «классических» часов