К разработке методов богословия лишь приступали: главным на этом этапе было преодоление плена старых латинских систем и форм. Попытка Устава 1814 г. активизировать богословскую мысль «практическим» богословием и преодолеть формулы «классических» книг имела результаты, но проявлялись они медленно[170]. Осваивались новые системы и методы, также западные, по преимуществу немецкие, но при этом разрабатывался самостоятельный богословский понятийный аппарат.
Многое значил .язык преподавания. Вопрос о переходе на русское чтение богословских лекций долго оставался проблемой. Латынь в академиях удалось потеснить уже в 1819 г.: было позволено преподавание богословия и на латыни, и на русском языке, по усмотрению ректора[171]. Хотя в 1825 г. было принято решение о возврате в преподавании богословия к строгой латыни и латинским «классическим книгам», новое латинское пленение русского богословия было недолгим и не строгим, и уже в начале 1830-х гг. во всех академиях богословие читали в основном на русском языке. Но русский научный язык строился на западной основе, поэтому заимствование и адаптация терминов долго составляли проблемы русской богословской науки[172].
Новизна проявлялась не только в языке: в академиях богословские лекции начали читаться по-новому, постепенно преодолевая схоластическую отвлеченность. Лекторы догматического богословия стремились к историческому изучению догматов в церковном предании, в лекциях по герменевтике и обличительному богословию появилось критическое направление[173]. Привычные отвлеченно-формальные темы текущих и курсовых сочинений сменялись иными, представляющими больший исторический или жизненно-церковный интерес. Но появление элементов критического анализа в научных сочинениях преподавателей и студентов вызывало неоднозначную реакцию начальства[174]. В 1830-50-х гг. духовные академии и академическое богословие неоднократно подвергались обвинениям в либерализме, неологизме, протестантизме, что отражалось и на отношении к профессорам академий и их выпускникам, и на судьбе богословских сочинений[175]. Академическая наука шла на риск и делала себя часто уязвимой для критического взгляда: лекции, составляемые с использованием иноконфессиональных богословских и церковно-исторических трудов, на первых шагах невольно испытывали на себе их влияние.