В первый день мятежа, 6 июля, мятежниками был задержан Ф. Э. Дзержинский, который прибыл для ареста убийц германского посла. Всего в этот день левые эсеры задержали 28 представителей государственной власти. Во второй день мятежники захватили центральный телеграф и объявили Ленина агентом германского империализма. Начавшийся на следующий день после начала съезда советов левоэсеровский мятеж уже 7 июля был подавлен правительственными силами. В. И. Ленин назвал мятеж левых эсеров «бессмысленной и преступной авантюрой», «безумной попыткой» вовлечь Россию в войну с Германией.
Некоторые исследователи удивляются мягкости наказаний, которые понесли мятежники. Были приговорены к расстрелу 13 человек, которые действительно шли на власть с оружием в руках и убивали людей. Лидера левых эсеров Марию Спиридонову приговорили к году тюрьмы, а затем, приняв во внимание ее «особые заслуги перед революцией», амнистировали и освободили. Так называемых непосредственных участников покушения на германского посла – Блюмкина и Андреева – приговорили к тюремному заключению на три года, вероятно, потому, что их вина как преступников, убивших Мирбаха, не была доказана. Их наказали, скорее всего, за участие в мятеже, а не за убийство. Советская власть изначально стремилась не обострять положение в стране и выделялась из других партий своей умеренностью, действиями, адекватными действиям противника.
В целом можно сказать, что 6 июля 1918 года, как и во все времена, фактические заказчики государственного переворота, мятежа находились в Великобритании и США. Это они стремились убрать В. И. Ленина, разрушить Брестский мир и возобновить войну между Россией и Германией. В один день, 6 июля 1918 года, не только убили немецкого посла, подняли мятеж в Москве, но и подняли мятежи по городам Средней Волги с центром в Ярославле. Стало очевидным, что мятежи и диверсии были организованы посольствами стран Антанты в тех районах, где не было немецких войск.
Брестский мир спас центральные области Советской России от оккупации странами Четверного союза, но не защитил от интервенции окраины государства. Мирный договор не предусматривал продвижение войск Германии и Австро-Венгрии далее Украины, но Германия не обращала на договор внимания и продолжала оккупацию Юга России. Во второй половине апреля германские интервенты развернули наступление на Крым. Советские войска после тяжелых боев эвакуировались морем в Ейск. Часть кораблей Черноморского флота перебазировалась из Севастополя в Новосибирск. В июне некоторые корабли из-за угрозы захвата затопили.