Поселившиеся в этих местах казаки (было создано отдельное Черноморское казачье войско) быстро уяснили выгоды здешнего местоположения и обратились с прошением о создании портового города к самому кавказскому наместнику Михаилу Воронцову. Наместник, проживавший в Тифлисе, идею поддержал. Так появился на свет императорский указ 1848 года об основании города и порта Ейск. Через семь лет, во времена Крымской войны, Ейск был уже достаточно крупным населённым пунктом и портом, чтобы им заинтересовалась хозяйничавшая на Чёрном и Азовском море англо-французская эскадра. Город был обстрелян из корабельных орудий и подвергнут атаке морского десанта. Однако, несмотря на разрушения и пожары, после окончания войны Ейск продолжал достаточно стремительно расти и развиваться. Тут открылись уездное и реальное училища, войсковая и женская гимназии, были замощены многие улицы. А через несколько лет появились даже уличные фонари – редкость для тогдашних провинциальных городов. Но удивляться тут нечему: по Азовскому морю в те времена проходили многие судоходные торговые маршруты, по которым вывозилась на экспорт продукция плодородного Юга России. В начале ХХ века, после реконструкции здешнего порта, торговля ещё более активизировалась, а вскоре, за несколько лет до начала Первой мировой войны, Ейск был связан с остальной Россией железнодорожной линией. Тогда же здесь открылись первые курортные учреждения и грязелечебницы (на основе насыщенной сероводородом воды и целебных грязей Ханского озера), быстро завоевавшие популярность у больных и отдыхающих.
Правда, Первая мировая война, перекрыв пути международной торговли, снизила значение Ейска как порта. А затем настал черёд Октябрьской революции и Гражданской войны, во время которой власть в городе менялась ни много ни мало – шесть раз. Окончательно советская власть пришла в эти места весной 1920 года. В 20-е годы в Ейске было сооружено несколько заводов. Но славу городу принесло в первую очередь передислоцированное сюда в начале 30-х годов военно-морское авиационное училище. Три сотни Героев Советского Союза и Героев России – такой вклад этого учебного заведения в историю и обороноспособность страны. Среди наиболее знаменитых выпускников училища – известный полярный лётчик Анатолий Ляпидевский (1908–1983), один из самых первых в стране Героев, будущие космонавты Владимир Комаров и Владимир Джанибеков…