Разумеется, что все эти месяцы с предельным напряжением работали и спецслужбы всех воюющих сторон – как «белой», так и «красной». Первую в конце 1920–1921 годов (время существования ПБО) представляли агенты сформированного П. Н. Врангелем в Париже «Союза освобождения России» (с 1924 года – «Российский общевоинский союз» (РОВС)), действовавшего автономного от него савинского конспиративного «Народного союза защиты родины и свободы» (НСЗРиС), центр которого находился в Варшаве, а также агентура внешних разведок Польши и ее союзниц – Великобритании и Франции. Таким образом, у советских чекистов начала 1920-х годов не было нужды в искусственном обострении внутренней ситуации в стране с помощью вымышленных вражеских подпольных структур: обстановка была и так напряжена до предела, и могущественные враги у РКП(б) в канун исторического Х съезда (8—16 марта), провозгласившего НЭП, существовали отнюдь не на бумаге.
Кульминацией «тайной войны» в этот период российского гражданского противостояния стало восстание моряков Балтийского флота, действительно поставившее под угрозу коммунистический режим в РСФСР (в случае успеха балтийские моряки, закрепившись в Петрограде, могли соединиться с действующей на Тамбовщине «зеленой» армией Антонова и идти на Москву).
Волнения в Кронштадте, где царил зимой 1921 года настоящий голод, начались 28 февраля 1921 года. 1 марта экипаж броненосца «Петропавловск» принял резолюцию с требованием переизбрания Советов («Советы без коммунистов»), свободы слова и печати, реформы в распределении пайков и т. д. и выдворил из города прибывшего из Москвы председателя Центрального исполнительного комитета съезда Советов М. И. Калинина. После этого ЦК РКП(б) принял резолюцию о наличии в гарнизоне Кронштадта «контрреволюционного заговора». В ответ на это на следующий день, 2 марта моряки создали Временный революционный комитет во главе с писарем «Петропавловска» С. М. Петриченко и обратились к петроградским рабочим с воззванием «покончить с режимом комиссаров».
5 марта на побережье Финского залива были выдвинуты карательные части во главе с М. Н. Тухачевским, который 8 марта попытался штурмовать крепость по льду. Эта атака была отбита восставшими, использовавшими артиллерию вмерзших в лед кораблей на кронштадтском рейде. В Петрограде известие о провале Тухачевского вызвало волнения на заводах (т. н. «волынки»). На открывшемся в тот же день в Москве X съезде РКП(б) сообщение о кронштадтской неудаче вызвало настоящую панику: было принято постановление о направлении военнообязанных делегатов съезда на поддержку Тухачевского. События в Кронштадте повлияли на молниеносное принятие съездом решения о переходе от «военного коммунизма» к «новой экономической политике» (НЭП) и о проведении генеральной «чистки» партии.