Крамола Шемяки быстро теряла почву и скоро совсем была разрушена общенародным движением в пользу Василия, на защиту законного порядка. Действительно, положение Шемяки в Москве было самое незавидное. Окруженный людьми подозрительной верности и самой сомнительной нравственности, он, разумеется, должен был им уступать, мирволить; те пользовались этим, грабили и обирали граждан, которые обращались к княжескому суду Шемяки и не находили в нем правды. «От сего времени, – говорит летописец, – в Великой Руси про всякого судью грабителя и насильника говорили с укоризною, что это судья Шемяка, что его суд – шемякин суд».
Наконец, видя себя оставленным всеми, Шемяка запросил у великого князя мира, который тот дал как ему, так и союзнику Шемяки, князю Ивану Можайскому, взяв с обоих клятвенные записи в верности. Затем Василий торжественно въехал в Москву.
Возвращением его, разумеется, все были довольны, кроме Шемяки. Он очень скоро нарушил свою клятвенную запись и стал вновь строить козни против Василия. Тогда последний отдал рассмотрение этого дела на суд духовенству. Достойные русские пастыри во главе с митрополитом Ионою, человеком великой души и святой жизни, так же беспредельно преданным Русской земле, как и его предшественники, святые митрополиты Петр и Алексий, отправили к Шемяке грозное послание, укоряя его в нарушении установившегося нового порядка престолонаследования и в отсутствии любви к Родине.
Однако Шемяка не послушался увещеваний духовенства, и великий князь должен был выступить против него в 1448 году в поход, после чего Шемяка опять дал на себя проклятую грамоту и опять нарушил ее в следующем же, 1449 году, неожиданно осадив Кострому, где сидел доблестный князь Иван Стрига-Оболенский с Феодором Басенком. Слепой великий князь вновь выступил против Шемяки с войсками, при которых находились также митрополит и епископы. Шемяка смирился опять, написал проклятую грамоту и опять ее нарушил в 1450 году, успев собрать войско против Василия Васильевича. Но ему нанес страшное поражение великокняжеский воевода, князь Василий Оболенский. Тогда Шемяка бежал в Новгород, где ему оказали приют; из Новгорода он кинулся в Устюг и страшно злодействовал над теми, кто не желал ему присягнуть; оттуда, преследуемый великокняжескими войсками, он бежал опять в Новгород, где, наконец, в 1453 году умер, говорят, от яду. Известие о его смерти было встречено с великой радостью как в Москве, так и по всей земле.