Эволюция институтов должна рассматриваться совместно с изменениями организаций. В рамках методологии оригинальной институциональной экономической теории (OIE) не используется радикальное разграничение на игроков (организации) и правила игры (институты), как это принято в новой институциональной экономике (NIE) (Норт, 1997). Если рассматривать институты и организации «как системы устоявшихся и общепринятых социальных правил, которые структурируют социальные взаимодействия» (Ходжсон, 2007. С. 28), то можно рассматривать организации в качестве «особого типа института, обладающего некими дополнительными свойствами» (Ходжсон, 2007. С. 37).
Институты и организации, таким образом, составляют элементы институциональной структуры, образуя повторяющиеся взаимодействия на разных уровнях социальной иерархии. Согласно Дж. Ходжсону, выделяют три признака уровня организации: «…во-первых, критерии выделения их границ и отличия членов организации от всех остальных, во-вторых, принципы суверенитета в вопросе о том, кто несет ответственность, и, в-третьих, иерархия уровней управления, образуемая делегированием полномочий и ответственности внутри организации» (Ходжсон, 2007. С. 37). В рамках институциональной структуры индивиды подвержены действию как внешних правил по отношению к их организации институтов, так и внутриорганизационных правил. Таким образом, организационную структуру можно рассматривать как элемент институциональной структуры, которая создает для акторов пространство возможных действий и действующих правил (working rules) (Коммонс, 2012).
Многие современные течения экономической мысли признают необходимость исследования институциональных изменений. Представители нового институционализма (Норт, 2010; Eggertsson, 2005), оригинального (старого) институционализма (Samuels, 1995) и многие представители неоклассики (Acemoglu and Robinson, 2012) признают важнейшее значение институтов для экономического развития. Уже более века экономистов интересуют вопросы о том, как возникают эффективные институты, почему бывают очень устойчивыми неэффективные институты, как в ходе реформ можно импортировать эффективные институты, каковы механизмы эволюции институтов и в чем заключается специфика институтов в различных экономических порядках? Но только в последние десятилетия в процесс совместного обсуждения природы институциональных изменений были вовлечены различные научные школы. Это создает возможности для выработки консенсуса относительно природы экономических институтов и институциональных изменений.