Наибольшее распространение получили терригенные отложения от крупнозернистых песков до пелитовых илов. Биогенные осадки имеют ограниченное развитие. Особенно большую роль они играют в восточной и северо-восточной частях собственно Азовского моря, где отмечаются максимальные для водоема значения биомассы и продуктивности биоценозов. Преобладающие по площади распространения пелитовые илы занимают глубоководную часть моря (более 10 м), представляющую собой область активной аккумуляции тонкодисперсного материала. В виде локальных пятен эти илы встречаются и на меньших глубинах, на участках, защищенных от активного волнового воздействия аккумулятивными формами, а также в глубоководной части Таганрогского залива. Мелкоалевритовые илы кольцом опоясывают акваторию Азовского моря, пространственно тяготея к области со слабой аккумуляцией. Крупные алевриты, в основном, накапливаются на взморье Дона. Донные отложения практически повсеместно в виде примеси содержат обломки раковин моллюсков (Шнюков и др., 1976; Хрусталев, 1989; Федоров и др., 1998; Экологический атлас…, 2011).
В Таганрогском заливе преобладают пелитовые илы, занимающие всю восточную и центральную части залива в интервале глубин 4,5 – 6,5 м. В районах кос в них увеличивается содержание раковинного материала, который местами образует ракушечные отложения. Подводный склон залива в интервале глубин 2,5 – 4,5 м выполнен крупными алевритами и мелкоалевритовыми илами. По периметру залива от уреза до глубин 1,5 – 2,5 м отлагаются мелкозернистые пески. На отдельных участках граница распространения песков опускается до глубины 4,5 – 5,0 м, по-видимому, благодаря активному размыву придонными течениями. В западной части залива, наряду с пелитовыми илами, значительное место занимают мелко-алевритовые илы. Такие литологические особенности обусловлены спецификой гидродинамических процессов в прибрежной и в мористой частях залива. В прибрежной зоне преобладающим является вдольбереговое перемещение наносов. В меньшей степени, вероятно, локально проявляется поперечное движение взвешенного материала. В прибрежных миграциях участвует практически весь гранулометрический спектр наносов от песков до самых тонких фракций. В процессе прибрежной переработки отложений происходит их дифференциация с накоплением песчаных отложений в верхней части подводного склона. В удалённых от берега частях залива преобладает перемещение тонких фракций терригенного материала во взвешенном состоянии под влиянием формирующихся ветровых, а также компенсационных потоков, связанных со сгонно-нагонными процессами. Локальные перемещения материала, возможно, связаны с придонными течениями в основном компенсационного характера. Эти процессы, несомненно, контролируются формами мезо- и микрорельефа дна, определяющими увеличение интенсивности осадконакопления в понижениях рельефа (Шнюков, 1974; Хрусталев, Щербаков, 1974).