Хронологические рамки исследования охватывают период второй половины XIX в. – начала XX в. Объясняется это тем, что формирование политико-экономических взглядов П.А. Столыпина, его карьерный рост, а также сами его реформы происходили именно в этот период.
Методологической основой исследования является принцип объективности, а также многосторонний подход к анализу общественных явлений. Сильная сторона формационного метода состоит в том, что на основе определенных критериев он создает четкую объяснительную модель всего исторического развития. История человечества предстает как объективный, закономерный, поступательный процесс. Ясны движущие силы этого процесса, основные этапы. Однако формационный подход предполагает однолинейный характер исторического развития (исторические исследования показали, что и в Азии, и в Европе развитие определенных стран (например, России) не всегда можно вставить в схему смены формаций); решающее значение в объяснении исторических явлений отводится объективным, внеличностным факторам, а основному субъекту истории – человеку предназначена второстепенная роль; исторический процесс в этой методологии описывается преимущественно через призму классовой борьбы, отсюда наряду с экономическими значительная роль отводится политическим процессам.
Методологии формационного подхода в современной исторической науке в какой-то мере противостоит методология цивилизационного подхода. Основной структурной единицей исторического процесса, с точки зрения этого подхода, является цивилизация – целостная общественная система, включающая в себя различные элементы (религию, культуру, экономическую, политическую и социальную организацию и т. д.), которые согласованы друг с другом и тесно взаимосвязаны. Каждый элемент этой системы несет на себе печать своеобразия той или иной цивилизации. Это своеобразие весьма устойчиво. И хотя под влиянием определенных внешних и внутренних воздействий в цивилизации происходят определенные изменения, их некая основа, их внутреннее ядро остается неизменным.
Методологический принцип историзма также помог рассмотреть исследуемые процессы с учетом тех экономических и политических условий, в которых они находились. Метод сравнительно-исторического анализа обусловил возможность выяснения степени реализованности задуманных правительством преобразований. В ходе работы над монографией использовался проблемный подход, а также другие общенаучные методы: синтез, индукция, дедукция, систематизация, аналогия, моделирование, восхождение от абстрактного к конкретному, системный анализ и его производные (например, структурно-функциональный анализ). Применялись и конкретно-предметные методы исследования – ретроспективный, статистический и др.