В Редакционных комиссиях (1859–1860) Н.Х. Бунге принадлежал к либеральному большинству и отстаивал ключевые положения либеральной программы и в том числе – установление принципов бессрочного пользования наделами и неизменности повинностей. Это имело решающее значение для освобождения крестьян с землей, так как выкуп не устанавливался законодательно как цель реформы, а подразумевался членами Комиссий как ее логическое завершение. Он внес весомый вклад в разработку важнейшего звена реформы – выкупной операции, которая предполагала добровольность выкупа, но при том, что его условия определяются правительством: размеры надела, подлежащего выкупу, сумма крестьянского долга и выкупных платежей, способы выплаты компенсации помещикам и др. Только при соблюдении этих условий выкуп действительно становился неизбежным23.
Вскоре после провозглашения отмены крепостного права Н.Х. Бунге выступил за корректировку и дополнение «Положений» 19 февраля 1861 г. Особое внимание он обращал на организацию переселений малоземельных крестьян на свободные казенные земли, облегчение перехода из одного «общества» в другое и пересмотр паспортного устава, затруднявшего мобильность сельского населения. Но эти предложения не получили поддержки в «верхах». Правительственные мероприятия первых пореформенных десятилетий имели частный характер и не означали каких-либо изменений в общем направлении аграрной политики. Только к концу 1870-х гг. в ходе статистических исследований, общественных дискуссий и деятельности министерских комиссий был накоплен достаточный материал, который позволил выявить основные тенденции в развитии сельского хозяйства и определить новые задачи в решении крестьянского вопроса.
До середины 50-х гг. XIX в. Н.Х. Бунге воспринимал крестьянскую общину в России как пережиток средневековья и сочувствовал популярному на тот момент лозунгу европейской экономической науки о немедленном разделе общинных владений между крестьянами. Но в предреформенные годы его позиция изменилась. Он понимал, что без ручательства «мира» за выкупные платежи правительство не решится на отмену крепостного права. Наблюдая опыт аграрных реформ в западных странах, Н.Х. Бунге опасался, что слишком быстрая ломка общины может привести к обезземеливанию и пролетаризации крестьянства, что, в свою очередь, вызовет обострение социальных противоречий в России. «Сожалея всегда о чужом горе, – писал он, – о пролетариате и пауперизме Англии и Франции, не зная этих бед в настоящем, мы хотим застраховать себя от них в будущем». Поэтому, по его мнению, превращение крестьян в собственников должно было охватить длительный период времени, чтобы «простолюдин научился ценить собственность как средство для упрочения своего экономического положения и для приобретения образования». Одним из наиболее эффективных средств для борьбы с малоземельем и для становления частного крестьянского землевладения Н.Х. Бунге считал переселение на окраины страны. Также он предлагал продавать крестьянам государственные земли