Погрузившись в семейные хозяйственные расчеты, составленные предками, Д.А. Столыпин обнаружил устойчивую тенденцию падения урожаев за несколько десятилетий, ибо «наш знаменитый чернозем начал во многих местах сильно выпахиваться». Крымская война на время прервала его занятия. Он вступил в Александровский гусарский полк и за храбрость в боях был награжден золотым оружием. После окончания войны вышел в отставку и вскоре уехал за границу. Здесь (в основном в Женеве и в Париже) Д.А. Столыпин провел несколько лет, пытаясь заполнить пробелы в своем образовании. Вернувшись на родину, Д.А. Столыпин усиленно занялся научно-публицистической деятельностью, а также реорганизацией сельскохозяйственного производства и быта в своих обширных имениях, разбросанных по многим губерниям. Освобождение крестьян от крепостной зависимости приветствовал с энтузиазмом как новую «историческую эпоху в России». В 1863–1893 гг. написал множество статей и брошюр, которые часто объединялись в целые тома: «Сельскохозяйственные очерки» (М., 1889), «Научные очерки. Наш сельский вопрос» (М., 1890), «Учение О. Конта. Начало социологии по вопросу об организации земельной собственности >и пользования землей» (М., 1891) и др.
В реальной аграрной жизни им были обнаружены две системы землепользования – относительно малочисленные хутора (Финляндия, Прибалтийский край, юг России и Сибири) и общинное землепользование, охватывавшее основную массу крестьянства. Д.А. Столыпин обратил внимание на то, что еще в 1830–1840-е гг. в южных губерниях (Таврической, Екатеринославской и др.) после упразднения нескольких тысяч хуторов на казенных землях крестьян принудительно сводили в одну деревню, построенную по определенному плану, родившемуся в канцелярии. Делалось это ради удобства сбора податей, которые обеспечивались круговой порукой общины. При этом вполне в духе императора Николая I составлялись огромные деревни до 6 тыс. душ, без учета цифровых показателей «нормальной» сельскохозяйственной единицы. Старожилы, испытавшие на себе этот бюрократический эксперимент, со слезами на глазах рассказывали Д.А. Столыпину о своей былой (дореформенной) жизни.
Своеобразную идейную поддержку Д.А. Столыпин нашел в выводах известного социолога-органиста П. Лилиенфельда, бывшего одно время губернатором Курляндии, который отмечал большую производительность местных арендных хуторов в сравнении с крупными собственниками. Постепенно подводится итог многолетним наблюдениям: «В земледелии нормальное хозяйство – подворное, личное, это естественное явление». Далее было предпринято дотошное сравнение материальных, культурно-хозяйственных выгод и, как бы мы сейчас сказали, экологических последствий двух систем землепользования. Предпочтение явно отдавалось хуторскому хозяйству. Его владелец может внедрять всяческие хозяйственные улучшения и поднимать культуру почвы без опасения, что выгодами от них воспользуется тот, к кому при общинном переделе перешел бы этот участок земли. Чересполосица приводила к хищнической эксплуатации полученного на время надела без восстановления его плодородия, к тому же он располагался далеко от дома и скотного двора. Перевозка навоза, орудий труда и урожая отнимала неоправданно много времени. Самые элементарные подсчеты нерациональных трат, утверждал Д.А. Столыпин, просто пугали. С такими потерями процветания не достичь даже при хороших урожаях в течение нескольких лет подряд, что само по себе случалось редко. Кроме того, в общине совершается процесс опасной нивелировки, «уничтожение самостоятельности и инициативы личности», психология уравниловки гасит желание рисковать и искать новое. А круговая порука, которая обеспечивала фискальные повинности всех, тяжким бременем ложилась на более дисциплинированных и состоятельных членов общины, уменьшая тем самым ее богатство.