Например, налог на прибыль, согласно положениям инструкции ФНС РФ “ О порядке исчисления и уплаты в бюджет налога на прибыль предприятий и организаций” по определению критериев малого предприятия, дополняются нормой, что к малым предприятиям могут относиться только предприятия, являющиеся по законодательству юридическими лицами. Это означает, что предприятия с иностранными инвестициями, у которых соблюдены критерии, установленные Законом от 14 июня 1995 г., и иностранные участники только физические лица, в целях упрощенного налогообложения также могут относиться к малым предприятиям. Предоставление льгот филиалам малых предприятий способствовало становлению малого бизнеса в реальном секторе экономике. Субъекты малого предпринимательства, перешедшие на УСН, физические лица – предприниматели без образования юридического лица не являются плательщиками НДС. Субъекты малого предпринимательства, применяющие упрощенную систему налогообложения, учета и отчетности, освобождены от уплаты следующих налогов: на реализацию горючесмазочных материалов, на пользователей автодорог, с владельцев транспортных средств [12].
Однако в целом регулирование налогового законодательства по отношению к субъектам малого предпринимательства не способствует развитию малого бизнеса в России. Как показывает практика, предоставленные льготы приводят к отрицательному результату. Например, исключение из числа налогоплательщиков малых предприятий, перешедших на упрощенную систему налогообложения, приводит к искажениям в системе применения НДС. При продаже товаров, изготовленных малыми предприятиями, предприятие-покупатель должно уплатить НДС в большей сумме, в связи с этим отпускная цена его собственного товара возрастает.
Начиная с 1997 г. многие предприятия малого бизнеса без использования УСН приостановили свою деятельность из-за тяжести налогов. Налогооблагаемая база с подобных малых предприятий возросла в 1,5 – 2 раза. Это положение препятствует развитию малого бизнеса в реальном секторе экономики. С точки зрения укрепления и развития малого предпринимательства и соответственно изменения структуры экономики в пользу социальной направленности данная система налогообложения оказалась недостаточно эффективной. В ней не удается ограничиваться только уплатой единого налога, поскольку сохранились пошлины, лицензионные сборы, отчисления во внебюджетные фонды и т. д. Проблемы с реализацией Закона РФ “Об упрощенной системе налогообложения, учета и отчетности субъектов малого предпринимательства“ связаны также с нечеткостью многих его положений, с различной стоимостью патента в различных регионах. Тем самым прослеживается ограниченный характер налоговых льгот для малого предпринимательства и не стимулируется в полной мере развитие малого бизнеса в различных отраслях народного хозяйства, особенно в сфере производства.