Программы являются наиболее эффективным способом реализации стратегии социально-экономического, научно-технического, экологического, регионального развития, обеспечивают концентрацию ресурсов на наиболее перспективных и эффективных направлениях развития, помогают преодолевать неизбежно возникающие кризисы и противоречия, обеспечить выход экономики на новый, более высокий уровень [40].
В условиях крайнего дефицита денежных средств, жесткой ограниченности ресурсных возможностей страны и регионов становится неизбежным и необходимым предотвратить их распыление, сосредоточить средства на ключевых направлениях, способных не только удержать экономику на плаву, но и последовательно выводить ее на подъем. Программы представляют эффективный инструмент концентрации и целевой ориентации ресурсов на важнейших направлениях деятельности.
Программирование обеспечивает дополнительный (системный) эффект от концентрации лучших ресурсов на узком поле прорыва, согласования проектов программы взаимодействия сопряженных программ, что повышает эффективность, гибкость и конкурентоспособность экономики в целом.
Программный подход ориентирован на работу с проблемами, значит, вся структура управления втягивается в постоянный процесс программирования своей деятельности, приобретая таким образом эластичность и способность к изменениям.
Внедрение программного бюджета становится большим прорывом на пути к развитию, но наряду со всеми преимуществами существует еще немало нерешенных проблем.
Первая группа проблем связана с методической незавершенностью формирования программного бюджета.
К настоящему времени не создано чётких, устоявшихся определений, отсутствует единая точка зрения исследователей на основополагающие понятия программно-целевого планирования и управления. Не созданы организационно-управленческие и нормативно-законодательные основы регионального программирования. Всё это существенно ограничивает рамки применения программно-целевого подхода, который наиболее эффективен для решения хорошо изученных проблем. Не устранены попытки осуществления чрезмерного количества одновременно реализуемых, не увязанных между собой, мелких и частных программ.
Программно-целевое планирование используется в основном для совершенствования действующих систем управления, а не для решения новых проблем.