Вместе с тем возможности Сибири использовались не в полной мере. Медленно росли заготовки зерна сильных, твердых и ценных пшениц. В прошедшем году не была достигнута планировавшаяся отдача от интенсивных технологий. Ниже установленных заданий была получена урожайность яровой пшеницы в Алтайской крае, ряде других краев и областей.
ЦК КПСС считал, что такое положение дел в зерновом хозяйстве стало возможным во многом потому, что президиум Сибирского отделения Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук имени В. И. Левина, руководители научно-исследовательских учреждений крайне медленно перестраивали стиль и методы своей работы в соответствии с требованиями апрельского (1985 г.) Пленума ЦК КПСС и совещания в Центральном Комитете партии по научно-техническому прогрессу. Не были приняты необходимые меры по выполнению постановлений ЦК КПСС и Совета Министров СССР об увеличении производства зерна яровой пшеницы за счет интенсификации ее возделывания. Проводимые исследования не носили системного характера и по ряду направлений серьезно отставали от требований интенсификации зернового хозяйства.
В Алтайском научно-исследовательском институте земледелия и селекции, Красноярском научно-исследовательском институте сельского хозяйства, кемеровском научно-исследовательском институте сельского хозяйства и ряде других не велись комплексные исследования по разработке интенсивных технологий возделывания яровой пшеницы, отсутствовали отделы и лаборатории по их изучению, имели место неоправданное дублирование и мелкотемье. Крайне недостаточно изучались вопросы оптимизации азотного питания, интегрированной защиты растений от вредителей, болезней и сорняков, применения регуляторов роста, создания более совершенных средств для их внесения, а также использования сельскохозяйственной авиации.
С низкой эффективностью работали селекционные центры по выведению высокоурожайных скороспелых, устойчивых к неблагоприятным погодным условиям, болезням и сельскохозяйственным вредителям сортов зерновых культур, особенно яровой пшеницы. Не проводилась их оценка на пригодность к интенсивным технологиям, вследствие чего на значительных площадях возделывались сорта пшеницы с повышенной степенью полегания и удлиненным вегетационным периодом. Опытно-производственные хозяйства не всегда обеспечивали колхозы и совхозы элитными семенами высоких кондиций. Научные работники оказывали слабое влияние на повышение качества обучения специалистов и механизаторов. Ученые недостаточно активно занимались внедрением хозрасчета и коллективного подряда в целях интенсификации производства зерна и земледелия в целом.