Структура органов управления тылом флота, флотилии и военно-морской базы в ходе войны существенным изменениям не подверглась. В некоторых флотах были созданы заготовительный, сельскохозяйственный и трофейный отделы. Начальнику тыла флота был подчинен ветеринарный отдел, а первый и второй отделы Управления тыла флота были объединены в организационно-плановый отдел. Одновременно с этим отделы плавсредств и гаваней, автотракторный, труда и кадров были изъяты из подчинения командира главного военного порта и непосредственно подчинены начальнику тыла флота. Аналогичные изменения были произведены в военно-морских базах. Кроме того, была введена должность заместителя начальника тыла флота по вооружению и судоремонту, которому подчинялись отделы вооружения и технический.
Сложность оперативной обстановки на Балтийском и Черном морях вызвала необходимость создания новых органов управления тылом, тыловых частей и учреждений, выполнявших, по существу, роль флотских тыловых баз. Например, в составе тыла Краснознаменного Балтийского флота (начальник тыла флота генерал-полковник М.И. Москаленко) было создано управление заместителя начальника тыла флота по воинским перевозкам через Ладожское озеро. Это управление с необходимыми силами и средствами размещалось на восточном берегу и решало такие задачи, как получение снабженческих грузов для сил флота, их временное складирование и перевалку на западный берег озера. В 1942 г. в связи с угрозой кавказским базам Черноморского флота (начальник тыла флота генерал-лейтенант М.Ф. Куманин) часть складов тыла флота была перемещена на восток. Для руководства их работой и организации перевозок через Каспийское море в Баку было создано управление, возглавляемое заместителем начальника тыла Черноморского флота.
Маневренный и напряженный характер военных действий вызвал большую потребность в подвижных силах и средствах тыла флота. Широкое использование боевых катеров с ограниченным радиусом действия для ударов по противнику потребовало максимального приближения пунктов базирования и средств тылового обеспечения к районам действий. Рассредоточение сил флота и объектов тыла в каждой военно-морской базе привело к необходимости развертывания пунктов маневренного базирования в необорудованных бухтах и малых портах. Возможности для капитального строительства в новых пунктах базирования были крайне ограничены. Да и оперативная обстановка не всегда позволяла развертывать такое строительство.