В январе 1930 года Николай Алексеевич женился на окончившей тот же педагогический институт, что и он, Кате Клыковой. В1932 году у них родился сын Никита, в 1937 – дочь Наташа. Постепенно положение Заболоцкого в литературных кругах Ленинграда укреплялось. С женой и детьми он жил в «писательской надстройке» на Канале Грибоедова, активно участвовал в общественной жизни писателей города. Такие стихотворения, как «Прощание», «Север», «Горийская симфония», «Седов», получили одобрительные отзывы в печати, в 1937 году вышла его книжка, включающая семнадцать стихотворений («Вторая книга»). На рабочем столе Заболоцкого лежали начатые поэтическое переложение древнерусской поэмы «Слово о полку Игореве» и своя поэма «Осада Козельска», стихотворения, переводы с грузинского… Но наступившее благополучие было обманчивым…
19 марта 1938 года Н.А. Заболоцкий был арестован и на шесть с половиной лет оторван от литературы, от семьи, от свободного человеческого существования. В качестве обвинительного материала в его «деле» фигурировали подписанные под пытками ложные показания двух ранее арестованных писателей и клеветническая обзорная рецензия-донос, определяющая творчество Заболоцкого как «активную контрреволюционную борьбу против советского строя». Несмотря на крайне жестокие допросы, он не признал себя виновным, не наклеветал ни на себя, ни на других интересующих следователей людей. До 1944 года он отбывал незаслуженное заключение в исправительно-трудовых лагерях на Дальнем Востоке и в Алтайском крае. С весны и до конца 1945 года, уже освободившись из заключения, он вместе с семьей жил в Караганде. Благодаря хлопотам его друга литературоведа Н. Л. Степанова и заступничеству влиятельных писателей (А. А. Фадеева, Н. С. Тихонова. И. Г. Эренбурга, С. Я. Маршака, П. И. Чагина и др.), в 1946 году Н. А. Заболоцкого восстановили в Союзе писателей, и разрешили жить в столице под негласным наблюдением соответствующих органов. (Документы из «дела» см. в кн.: Никита Заболоцкий. Жизнь Н.А.Заболоцкого. М., 1998; СПб. 2003.)
Начался новый, московский период жизни и творчества опального поэта. Несмотря на все удары судьбы Заболоцкий сумел сохранить душевную прочность и остался верным делу своей жизни – как только появилась возможность, он вернулся к неосуществленным литературным замыслам. Еще в 1945 году в Караганде, работая чертежником в строительном управлении, Николай Алексеевич в свободное от службы время в основном завершил начатый до ареста перевод «Слова о полку Игореве», а в Москве возобновил перевод грузинской поэзии. Переводил он и стихи других народов СССР, а также немецких, итальянских, венгерских и других поэтов. (См.: Н.А. Заболоцкий. Поэтические переводы в 3-х томах. М., 2004 г.).