В то же время есть ряд судебных решений, согласно которым законодательством не предусмотрена возможность применения ставки 18 % к услуг ам международной перевозки пассажиров и багажа (Постановление ФАС Московского округа от 29.07.2008 г. № КА-А40/6814-08 по Делу № А40-51592/07-14 (109)-298; Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 26.07.2007 г. № Ф04-5178/2007 (36767-А45-42) по Делу № А45-14425/2006-20/293; Постановление ФАС Московского округа от 22.07.2008 г. № КА-А40/6627-08 по Делу № А40-51580/07-151-337; Постановление ФАС Московского округа от 07.06.2008 г. № КА-А40/4802-08 по Делу № А40-47442/07-139-310; Постановление ФАС Московского округа от 19.02.2008 г. № КА-А40/458-08 по Делу № А40-30796/07-107-181 и др.).
В этих постановлениях судьи указали, что налоговым законодательством не предусмотрена возможность применения к услугам по международной перевозке пассажиров и багажа иной ставки НДС, кроме нулевой. Налогоплательщик может применить ставку 0 % уже при продаже билетов по международным перевозкам пассажиров и багажа, так как условия применения этой ставки, предусмотренные подп. 4 п. 1 ст. 164 НК РФ, имеются уже на стадии их продажи. Положения же абз. 2 п. 9 ст. 165 НК РФ, на которые ссылались в судах налоговые органы, не применяются к услугам по перевозке пассажиров и грузов. Следовательно, доначислить налог по ставке 18 % нельзя.
Аудитор должен убедиться в обоснованности применения налоговой ставки 0 % и ведении транспортной организацией раздельного учета при наличии оборотов, облагаемых по ставке 18 %. Порядок организации подобного раздельного учета рассмотрен в пункте «Раздельный учет сумм НДС при производстве продукции, реализуемой внутри России, и на экспорт» раздела 1: «Организация по производству продукции».
Соответствие учета доходов и расходов по обычным видам деятельности положениям отраслевой Инструкции. Специфика аудиторской проверки организации автомобильного транспорта связана также с тем обстоятельством, что учет доходов и расходов по обычным видам деятельности в такой организации должен осуществляться в соответствии с рекомендациями отраслевой инструкции, утв. Приказом Минтранса РФ от 24.06.2003 г. № 153 (обязательность исполнения рекомендаций отраслевых инструкций подобного рода для организаций любых форм собственности и организационно-правовых форм установлена ПБУ 10/99 Минфина РФ). Согласно Инструкции к обычным видам деятельности транспортной организации относятся доходы от: