Заметным вкладом в стеганографию в 357 году до н.э. стал «книжный шифр» древнегреческого полководца Энея Тактики, описанный им в трактате «О перенесении осад». В разделе «О тайных письмах» Эней предложил прокалывать малозаметные дыры в книге или в другом документе над буквами (или под ними) секретного сообщения. Интересно отметить, что в Первой Мировой войне германские шпионы использовали аналогичный способ сокрытия секретных писем, заменив дыры на точки, которые наносились симпатическими чернилами на буквы газетного текста.
Древние китайцы использовали следующий вид стеганографии: писали сообщение на тонкой шёлковой ткани, которая потом свёртывалась в крошечный шарик и покрывалась воском. Посланец глотал этот восковой шарик и в своём желудке доставлял послание к определённому месту, где естественным путём оно изымалось и передавалось адресату.
То, что стеганография смогла просуществовать столь длительное время, показывает, что она, несомненно, обеспечивает определённую секретность, но ей свойствен один принципиальный недостаток. Если курьера обыскают и найдут сообщение, то сразу же станет известно и его содержание. Перехват сообщения мгновенно ставит под угрозу всю безопасность. Пристальная стража может тщательным образом обыскивать всех, кто пересекает границу, счищая с дощечек весь воск, нагревая чистые листы бумаги, очищая сваренные яйца от скорлупы, брея людям голову и т.д., так что случаи выявления сообщения будут неминуемы.
Следующий рукописный труд о стеганографии появился только в конце ХV века. Так, в 1499 году Иоганн Тритемий (Трисемус), аббат бенедиктинского монастыря Святого Мартина в Шпанхейме (Германия), приступил к написанию серии томов под общим названием «Стеганография» (лат. Steganographia). В первых разделах он писал о способах замены гласных-согласных, о криптографическом использовании «пустых» знаков и не имеющих смысла слов. Но из-за ереси, что по мнению христианских священников содержалась в произведении, он продолжительное время оставался в виде рукописи. А после того, как в 1606 году книга всё же была напечатана, она сразу была внесена в католический Индекс запрещённых книг.
В 1682 году Генрих Хиллер написал книгу «Глубочайшая тайна стеганографических искусств» (лат. Mysterium artis steganographicae novissimum), в которой намеревался научить читателя не только тайнописи, но и распознавать такие языки, как латинский, немецкий, итальянский и французский, просто определяя статистическую частоту букв и дифтонгов (сочетание двух простых гласных).