С историей Византии неразрывно связана история Восточной, или Православной, Церкви. К началу IV в. практически во всех провинциях были организованы христианские общины (епископства), тесно сносившиеся между собой. Широкой благотворительностью, проповедью милосердия, надеждой на загробное блаженство Церковь привлекала к себе массы населения, разочаровавшегося в ценностях традиционной греко-римской религии. Константин I и его преемники не скупились на богатые пожертвования церкви. Священники были освобождены от муниципальных повинностей, от службы в армии, суд епископов был приравнен к государственному. Церковь сосредоточила у себя огромное имущество. Менее чем за столетие она сделалась обладательницей десятой части всех земель империи.
Раздел римского государства предопределил и раздел общин и епархий христианства на западные, подчинявшиеся Римскому епископу (позже – Папе), и восточные, имевшие свои центры в Константинополе, Антиохии, Александрии Египетской и др. Между ними росли и углублялись противоречия в подходах к богослужению и церковной доктрине. Процесс разделения был длительным, болезненным и окончательно завершился только в X в., когда Римский Папа предал анафеме Константинопольского и всех восточных патриархов. С тех пор мы говорим о двух крупнейших ветвях христианства – Римско-Католической и Православной церквях. Но еще драматичней и острее происходила внутрицерковная борьба между официальным направлением и разными еретическими уклонами. О ереси ариан мы уже упоминали. Основателем арианства был александрийский священник Арий, отрицавший основной догмат официальной Церкви, согласно которому Бог Сын так же предвечен, как и Бог Отец. Арий учил, что Бог Сын – творение Бога Отца, а потому не может быть предвечен. Вся Церковь разделилась на сторонников Ария и сторонников предвечности Христа и Бога Отца. Никейский собор 325 г. осудил ересь Ария, указав на единую природу Господа Христа: человеко-божественную. Но ариане не думали отступать. При императоре Констанции II (337–361) они не только подчинили себе царский двор, но и потеснили со своих мест «ортодоксальных» епископов и священников, многие из которых были отправлены в ссылку. Арианская ересь была первой большой опасностью для Церкви. Но не единственной.