В отличие от первого суда, когда Ходорковский, видимо, боясь навредить в первую очередь сотрудникам ЮКОСа и самой компании, которую все еще надеялся спасти, не был готов выходить за чисто правовые рамки, на этом суде он дважды подчеркивал политический характер преследования: в самом начале процесса и в своем последнем слове. Свое выступление во втором процессе он начал политическим заявлением вопреки попытке прокурора прервать его. Подтвердив, что не признает себя виновным, Ходорковский сказал: «Я считаю, что данный судебный процесс политически и коррупционно мотивирован. Он вызван опасениями моих оппонентов по поводу моего выхода на свободу. Политическая мотивированность заключается как в неприятии поддержки мной независимой оппозиции, так и в желании присвоить возможности, проистекавшие из моего права собственности на крупнейшую и наиболее успешную российскую нефтяную компанию ЮКОС».
Власть боится и не верит, что, оказавшись на свободе, Ходорковский не будет мстить, не попытается вернуть собственность, не станет «графом Монте-Кристо». Власть не верит, хотя Ходорковский не раз и не два говорил публично, что закрыл эту страницу своей жизни, что у него совсем иные планы на будущее. Я верю, что у него иные интересы и планы, я не думаю, что он намерен мстить, но уверена, что Ходорковский не забудет и не простит эти годы, вычеркнутые из его жизни по чужой воле.
Очевидно, режиссер, придумывавший это шоу, переоценил обвинение и недооценил обвиняемых. Открытый суд в Москве превратился в открытый фарс. И в этой ситуации выносить обвинительный приговор было как минимум гораздо сложнее, чем несколько лет назад. К тому же авторы процесса не могли предвидеть и учесть все обстоятельства: кризис, падение цен на нефть, падение российской экономики, падение на этом фоне доверия к власти и правоохранительной системе, природные катаклизмы, с которыми власть не справляется, рост протестных настроений в стране, изменение тактики поведения подсудимых, подключение международных судов, принявших иски по делу Ходорковского и Лебедева, а также иски к России, в том числе материальные, акционеров за пределами страны, постепенный, но уверенный рост симпатий к обвиняемым в общественном мнении внутри страны и за рубежом. В зале суда все чаще появлялись известные всей стране актеры, музыканты, художники, писатели, международные наблюдатели, иностранные и оппозиционные отечественные политики, звезды телевидения, правозащитники.