В условиях ослабленного иммунологического контроля не только невозможно полностью удалить из организма внутриклеточно расположенный вирус, но и создаются благоприятные условия для его дальнейшего распространения. Это, в свою очередь, способствует обострению хронических бактериальных, вирусных или грибковых заболеваний в организме.
Проблема герпетической инфекции состоит в том, что иммунная система реагирует только на свободные вирусные частицы или их фрагменты, находящиеся вне клеток. Но она не в состоянии бороться с вирусами, «укрывшимися» в нервных клетках ганглиев периферической нервной системы и фагоцитах. До настоящего времени работа иммунной системы при герпетической инфекции имеет еще очень много загадок, над решениями которых работают ведущие специалисты во всем мире.