После войны Н. Е. продолжал работать в МИЭИ и по совместительству – в НИУИФ, прервав эту работу за несколько лет до выхода на пенсию.
В конце 50-х годов Н. Е. Пестовым были написаны первые труды по богословию. Это были в основном выдержки из святых отцов и учителей Церкви по различным вопросам христианской жизни, объединенные в два тома под названием «Пути к совершенной радости», а также первая редакция книги «Над Апокалипсисом».
После ухода на пенсию всю свою духовную и физическую энергию Н.Е. сосредоточил на работе над основным своим богословским произведением – многотомной диссертацией «Пути к совершенной радости», или, как он еще ее назвал: «Опыт построения христианского миросозерцания».
Диссертацию Н. Е. начал писать еще во время войны. Первыми прочитывали его труды близкие ему люди, и прежде всех – Зоя Вениаминовна. Труды его вскоре стали пользоваться большим успехом и перепечатки их расходились по многим городам и селам России.
Люди тянулись к Н. Е., много времени уходило на прием посетителей. Старые друзья, молодежь, бывшие члены христианского студенческого кружка приходили к Н. Е. побеседовать, попросить почитать книги из его домашней духовной библиотеки. Н. Е. очень любил детей. И когда у дочери Наталии, которая стала женой священника, родилось двое сыновей, Н. Е. с радостью занимался внуками, особенно летом в Гребнево, где они с Зоей Вениаминовной снимали дачу недалеко от дочери.
Дедушка с радостью угощал внуков сластями, следил за их речью, заботился о спортивном развитии, а позднее, когда внуки подросли, стал вести с ними душеспасительные беседы.
Неукоснительно посещал Н. Е. храм Божий. Молился дома и вместе со всей семьей, с внуками и наедине. Его молитва была пламенной, он весь погружался в нее.
В 1973 году, вскоре после празднования золотой свадьбы, умерла супруга Н. Е. Зоя Вениаминовна. 50 лет прожили они в вере и единомыслии. Тяжело пережил утрату Н. Е. Он больше года без конца читал акафисты и каноны о упокоении души супруги.
В 1975 году Н. Е. переехал на новую квартиру, жизнь вокруг него била ключом, и Н. Е. снова стал живым и радостным.
Н. Е. любил по воскресеньям бывать в храме Илии Пророка в Обыденном переулке на Кропоткинской. Там, в Ильинском храме, и подиаконствовали оба внука Николая Евграфовича, там же Святейший Патриарх Пимен благословил Н. Е. и благодарил его за труды, о которых много слышал. В этот же день в Ильинском храме один из внуков Н. Е., монах Сергий, был посвящен во диаконы.