Между тем разделение Церкви не приостановило паломничества западных христиан в Палестину, и с течением времени оно принимало все более и более массовый характер, вылившись, в конце концов, в крестовые походы. Конечно, нельзя сказать, что эти походы предпринимались исключительно с душеспасительной целью, но подавляющее большинство крестоносцев принимали участие в Крестовых походах исключительно из религиозно-нравственных побуждений. Когда крестоносцы овладели Палестиной в 1099 году и создали Иерусалимское королевство, Патриарху Иерусалимской церкви пришлось покинуть Святой Город. Без малого сто лет Иерусалимские Патриархи пребывали в Константинополе. Только после завоевания Иерусалима султаном Саладином (1187), православный Патриарх возвратился в Святой Город и вновь вступил в обладание всеми христианскими святынями. Однако в Иерусалиме остались францисканские монахи в качестве представителей Римско-католической церкви. Папа Григорий IX назначил в 1230 году монахов этого ордена «стражами Святых Мест». С тех пор между православными и католиками постоянно возникали разногласия из-за Святых Мест. Зачастую, как те, так и другие, разрешали спорные вопросы при помощи мусульманской государственной власти.
В XVI веке короли французские объявили себя защитниками Римско-католической церкви на Востоке и добились дипломатическими путями некоторого преимущества, которое им соблаговолила дать Оттоманская империя в ущерб православным. Францисканские монахи поставили своей целью добиться полного обладания Святыми Местами и упорно стремились расширить свои права. Благодаря покровительству Франции, в начале XVIII века орден францисканцев добился значительных преимуществ, которые и были закреплены особым договором между Францией и Турцией в 1740 году. В конце XVIII века, после революции, Францию перестали интересовать церковные дела. В начале XIX века стало возрастать влияние России, особенно после того, как Император Николай Первый объявил себя покровителем всех православных христиан Востока. Это привело к тому, что Турция восстановила исторические права Иерусалимской церкви на владение всеми Святыми Местами в Палестине. Франция испугалась влияния России на Ближнем Востоке, и Наполеон Третий обратился к правительству Турции с нотой, в которой, напомнив о договоре 1740 года, настаивал на восстановлении прав Римско-католической церкви в Палестине. Требование Франции поддерживали Австрия, Португалия, Сардиния и Неаполь. Англия, не будучи непосредственно заинтересованной в Святых Местах, но тоже опасаясь расширения влияния России, по обыкновению, вела двойственную политику, склоняясь все же в пользу Франции.