Очистив Францию от противника, добровольцы начинают расходиться по домам, считая свой долг выполненным, а между тем положение на фронте в начале 1793 г. изменяется к худшему. Французская республика охвачена врагами – австрийцами, пруссаками и англичанами. Некоторые генералы бывшей королевской армии изменяют революции, и французы терпят поражения. В то же время недовольные жирондистским правительством народные массы свергают его власть и устанавливают диктатуру якобинцев. Во Франции начинается гражданская война.
С приходом новой власти в июне 1793 г. общее положение в стране резко изменяется. Новое правительство объявляет закон об избирательном праве для мужчин. Крестьяне получают возможность приобретать за деньги эмигрантские земли; солдаты получают политические права наравне с остальными гражданами. Объявляется закон о государственной помощи пострадавшим на войне и помощи семьям военнослужащих. То, чего не могло дать жирондистское правительство, дало правительство якобинское. Реформы эти привлекли в армию новые потоки добровольцев для борьбы с внутренним и внешним врагом. Народные массы не хотели восстановления королевского режима: возвращение к власти Бурбонов означало возвращение феодалов и потерю всех завоеваний революции.
Укрепляется созданный 4 апреля 1793 г. институт комиссаров. В обязанности их входило создание нормальной обстановки для работы командного состава. Творческая боевая деятельность генерала должна всячески поддерживаться комиссаром. Что касается отношения комиссаров к солдатам, то инструкцией определялось, что «комиссары братаются с солдатами, они часто посещают их и воспламеняют их душу, уясняют им важность дисциплины. Комиссары выслушивают солдат, принимают их жалобы, просвещают…»
За короткий срок существования института комиссаров была проделана большая работа по укреплению армии. Нередко комиссары принимали командование и лично вели войска в бой. Например, при измене генерала Дюмурье комиссары проявили огромную энергию и спасли положение на фронте.
В 1796 г. контрреволюционная диктатура Директории упразднила институт комиссаров.
Перед лицом неприятеля армия якобинской диктатуры перестраивается. Доводится до конца слияние регулярных войск с добровольческими формированиями, при этом одна треть командного состава назначается по старшинству, а две трети – избираются. Только высший командный состав занимает должности по особому назначению.