В ходе боёв Сапожков зарекомендовал себя как талантливый командир. В апреле 1919 года дивизия Сапожкова была окружена в Уральске белоказаками под командованием генерала Толстова. Осада длилась 80 дней, после чего была снята 25-й стрелковой Чапаевской дивизией и Особой коммунистической бригадой. Героическая оборона прославила дивизию: три её полка были награждены Почётными революционными Красными Знаменами, ещё один полк и свыше 100 человек – орденами Красного Знамени.
Сапожков очень гордился телеграммой, полученной им в Уральске во время осады от т. Ленина, в которой вождь пролетариата благодарил его, Сапожкова, за проявленные мужество и стойкость и говорил, что Республика его подвига не забудет. Эту телеграмму Сапожков всегда носил с собой.
В июне 1919 года Сапожков был откомандирован для формирования новой 9-й кавалерийской дивизии из числа собранных бывших дезертиров. Не обремененный особым интеллектом, но крепкий крестьянским умом (сам Сапожков был из крестьян Новоузенского уезда) он все чаще стал высказываться против порядков, существующих в высших кругах командования армии, открыто выступал против продразверстки и ограбления крестьян, беспробудного пьянства и мародерства среди красноармейцев, засилия комиссаров в войсках и местных органах власти.
Дивизия отличалась слабой дисциплиной: командованию округа поступали донесения о насилии, творимом бойцами дивизии над крестьянами, об агитации против продовольственной политики Советской власти и даже об оскорблении портрета В. И. Ленина.
В конце июня Сапожков был вызван в штаб Заволжского военного округа, где ему было сделано строгое предупреждение о недопустимости антисоветской агитации в дивизии, которое не возымело действия. И Сапожков снова вернулся в дивизию.
4 июля командующий округом К. А. Авксентьевский издал приказ об отстранении Сапожкова с поста комдива в связи со служебным несоответствием. О приказе Сапожков узнал только четыре дня спустя, и это произвело на него потрясающее впечатление.
9 июля Сапожков на встрече с близкими ему командирами сообщил о своей отставке и предложил «выразить протест вооруженной силой». Командиры полков, зная Сапожкова как грамотного командира, преданного Советской власти, поддержали своего боевого товарища. Тем более, что возмущения Сапожкова порядками в штабе округа были всем понятны.