В начале 1950-х годов протоиерей Филипп Устименко из Пятигорска учился в Ставропольской семинарии. Во время своей учебы он познакомился во Владикавказе с батюшкой Стефаном. О. Филипп вспоминал, как «приехал в Ставропольскую духовную семинарию из глухого, пустынного, высокогорного села Псху в 1949 году. «В семинарии я встретился с выходцами из осетинского города Дзауджикау, как тогда назывался Владикавказ, столица Осетии. Не могу сказать точно, в тот же год или на следующий, мой друг-осетин Вадим Цаликов, ныне заслуженный протоиерей, пригласил меня к себе домой провести зимние каникулы. Естественно, Рождественские праздники мы проводили в храме, принимая участие в пении, чтении и других практических занятиях. Храм был посвящен святому пророку Илие. Настоятелем храма был отец Григорий Гончаров, а помогал ему отец Стефан. Познакомившись с батюшкой, я узнал, что иеромонах Стефан вместе с несколькими собратиями-монахами, такими, как отец Херувим, некоторое время подвизались в посте и молитве в моем родном селе Псху. Почему-то я приглянулся отцу Стефану, и он подарил мне книги, которые в те времена было трудно достать. Купить их я не мог, поскольку был в очень стесненных денежных обстоятельствах. Некоторые из них сохранились у меня до сих пор: Требник Елизаветинского времени, Службы на Светлую седмицу, Иерейский молитвослов. После того времени я не видел отца Стефана очень долго»>90.
1950-1960-е годы были тяжелым временем обострения гонений на церковь. «С 1949 года наблюдается осторожное сокращение количества действующих храмов. Рост их числа, начавшийся в 1955 году, был незначительным и закончился в 1957 году. С 1959 года начинается массовое закрытие и храмов, и монастырей, и семинарий»>91. Надвигалась «хрущевская оттепель». Новая волна религиозных преследований пришлась на 1960-1962 годы. Особенно пострадали при Хрущеве монастыри.
Архимандрит Иоанн (Мирошников) – справа. 1950-е годы
В те годы в Пятигорске служил бывший настоятель обители на Бештау схиархимандрит Иоанн (Мирошников). В Пятигорск вернулся игумен Паламон (бывший иеромонах Успенского монастыря, в схиме Пафнутий) и архимандрит Савва, некогда регент обители на Бештау. В условиях новых гонений отцы бывшей Успенской обители на Бештау стремились собраться вместе, чтобы иметь возможность исповедаться друг у друга, получить взаимную поддержку в трудную минуту. После смерти отца Иоанна (Мирошникова) в 1956 году отцы Савва и Пафнутий стали обращаться к батюшке Стефану. В 1953 году старец был уволен за штат как пенсионер по болезни