Пару лет спустя, уже в Воорбурге, Спиноза по просьбе своих амстердамских друзей написал на латинском языке небольшую работу «Начала философии Декарта, части I и II, доказанные геометрическим способом». Метафизика Декарта излагалась по образцу Евклидовых «Начал»: от дефиниций и аксиом – к теоремам с доказательствами и следствиями. В Приложении Спиноза поместил собственные «Метафизические мысли», в которых критически развивалась Декартова философия. Эта книга – единственная, которую он подписал своим именем, – увидела свет в 1663 году. Годом позже вышло исправленное и несколько расширенное издание на голландском.
К лету 1665 года написан первый вариант «Этики», и Спиноза принялся обсуждать возможность ее перевода на голландский язык. Издание, однако, было отложено, и он приступил к работе над «Богословско-политическим трактатом». Книга вышла в 1670 году без указания имени автора, на титульном листе значилось несуществующее гамбургское издательство. Несмотря на эти предосторожности, авторство Спинозы было вскоре установлено, а книга запрещена.
Цель трактата – «отделение религии от философских умозрений» ради защиты свободы мысли. Предназначение религии состоит в поддержании житейской морали и общественного порядка; философия же ищет истину и смысл жизни. Смешение этих двух глубоко различных по сути своей занятий обрекает философов на «ослепление духа», а религиозных людей толкает к раздорам и ересям, утверждал Спиноза. (Однако и сегодня немало тех, кто считает его самого религиозным философом.)
Спиноза наотрез отказывает религии и теологии в праве на вход в «царство истины». Религиозная вера проистекает из неадекватного знания о мире, из «воображения», и не имеет ничего общего с разумом и «разумной любовью к Богу». Священное Писание приспособлено к аффектам и «предвзятым мнениям толпы». Оно «содержит не возвышенные умозрения и не философские вопросы, но вещи только самые простые, которые могут быть восприняты и последним тупицей». Что же это за вещи? Книга книг учит честности и скромности, состраданию и любви к ближнему. Она апеллирует к воображению и страстям, ибо ее целевая аудитория не горстка философов, а простой народ. Мало кто стремится к добродетели, руководствуясь чистым разумом. «Толпе» требуется для этого воображаемый Господь Бог – всевидящий небесный судия, милостивый и грозный. Таким его и рисует Писание, из коего «проистекает великое утешение для тех, кто небогат умом, и следует немалая польза для государства».