Севернее экватора также происходили активные миграции населения, однако эта часть Африки, соединённая с Евразией как минимум тремя проходами (Гибралтарский пролив, Синайский полуостров и Баб-эль-Мандебский пролив), находилась в постоянном контакте с евразийскими соседями. Волны миграции в течение всего каменного века, вероятно, шли через Синайский перешеек в обе стороны, а в период неолита с освоением плавательных средств активизируются контакты с Южной Европой и Аравийским полуостровом Азии. В Северной Африке с древности доминирует средиземноморский антропологический тип, характерный и для сегодняшнего населения этого региона. Сегодняшние споры о том, где зародилась афразийская макросемья языков, носители которой с древности проживают и в Африке, и в Азии, исходят из предположения о существовании праязыка афразийцев примерно 10–12 тыс. лет назад. Так как в Азии в исторический период засвидетельствована только одна из шести групп афразийских языков (семитская), предположение об африканском происхождении этой макросемьи выглядит более логичным, хотя и противоположная гипотеза не лишена аргументов.
Весьма вероятно, что ок. 10–12 тыс. лет назад сформировался и нигеро-конголезский праязык, предок более 1500 языков современной Африки. Исходя из некоторых данных лингвистики и генетики, его обычно локализуют на западе континента, на территории западной части современной зоны Сахеля, которая в период мезолита представляла собой очень комфортную для обитания природную зону [Бабаев 2013]. Распад нигеро-конголезской общности был вызван активными миграциями групп охотников-собирателей, преимущественно в южном и западном направлениях. Примерно в VII–VI тысячелетиях до н. э. здесь появляется скотоводство и начинается освоение земледелия, одомашниваются такие культуры, как сорго и гвинейский рис. Это также способствует быстрому росту населения и освоению новых земель, в том числе ближе к экватору, где саванны переходят в леса.
Засушливый период, начавшийся в Сахаре примерно в V–IV тысячелетиях до н. э., усилил эту тенденцию: под влиянием засухи технологически более развитое скотоводческо-земледельческое население перемещается на юг, вытесняя и ассимилируя менее развитое население лесостепной и лесной зон. Вероятно, уже в III тысячелетии до н. э. большая часть Западной Африки от устья Сенегала до устья Нигера была занята преимущественно носителями нигеро-конголезских языков, хотя их миграции в южном направлении позже продолжились и даже усилились. На северном побережье Гвинейского залива, вероятно, сохранились реликтовые языки древних охотников и рыболовов, не принадлежащие к нигеро-конголезским, – например, несколько языков иджоидной семьи, отдельные языки-изоляты Нигерии, Ганы и Кот-д’Ивуара. Есть мнение, что субстратное население этих областей относилось к пигмоидному антропологическому типу [Ekkehard Wolff 2016: 138].