Эти соображения заставили крупнейших лингвистов второй половины XX в. выдвинуть целый ряд уточнений к классификации Гринберга. Его работы подстегнули усилия по сравнительному анализу небольших семей языков Африки: в период с 1960 по 2000 г. вопросами сравнения и классификации языков Африки занимались такие выдающиеся африканисты, как У. Уэлмерс, К. Уильямсон, Дж. Стюарт, Г. Мукаровский, Р. Фоссен и другие. Было предложено около десятка различных вариантов классификации африканских языков, в разной степени схожих со схемой Гринберга. Постепенно его классификация, оставаясь стержнем сравнитетельно-исторической африканистики, подверглась сильной эрозии. К концу XX в. мало кто из учёных всерьёз полагал оправданным родство языков койсанской макросемьи, в составе нило-сахарской макросемьи также стало принято выделять несколько семей с неясными перспективами родства.
Методы лексикостатистики и выделения лексических инноваций постепенно вышли на первый план при сравнительном анализе и ре-классификации языков Африки. При этом долгое время не существовало единой методики сопоставления лексем в рамках статистического подхода – каждый исследователь мог «на свой вкус» объявить две формы когнатами, что нередко довольно чувствительным образом меняло всё родословное древо макросемьи.
Итогом чрезмерного увлечения классификационными моделями и построением дендрограмм на основе нескольких лексических соответствий стала их довольно низкая абсолютная ценность в отсутствие того, что обычно сопутствует родословному древу в сравнительно-историческом языкознании: систем регулярных фонетических соответствий, реконструкции фонологии и морфологии праязыка, праязыкового лексического фонда. В то же время стремление «углубить» родство с помощью лишь 10–15 лексических изоглосс привело к тому, что появились гипотезы праязыков, отстоящих от нас на 18–20 тысяч лет. В их числе – конго-сахарская гипотеза Э. Грегерсена (фактически возвращавшая к «суданской» теории К. Майнхофа) [Gregersen 1972]. Составлялись и списки «панафриканских» лексических корней, призванных свидетельствовать об общем происхождении всех четырёх макросемей языков африканского континента. При этом для сравнения приводились данные, произвольно выбранные из каждой макросемьи, соответствия между ними остаются тёмными и никак не объясняются с точки зрения методологии.