, имеющей в афразийских языках статус полноценной фонемы. Так как слог в праязыке не мог начинаться с гласной, гортанная смычка служила заменой вокалического анлаута. Судя по рефлексам в древних и современных языках, гортанную смычку можно реконструировать на праязыковом уровне.
Существует мнение о том, что афразийский праязык также мог быть тональным, однако достаточных подтверждений этому не имеется. Из современных языков макросемьи чадские, кушитские и омотские используют фонологически значимые тоны, однако они могли развиться под влиянием иноязычного окружения: практически все языки Тропической Африки тональны. Языки Северной Африки, а также эфиосемитские языки демонстрируют силовое ударение, хотя в эфиосемитских языках оно довольно слабое и исследовано пока недостаточно.
Сегодняшние афразийские языки показывают широкий выбор структур слога: встречаются как открытые, так и закрытые слоги. На праязыковом уровне существовало две основные схемы слога: CV и CVC. При этом по структуре корневой морфемы слова в праязыке можно разделить на три частеречные категории: именные, глагольные и местоименные корни.
Отличительной чертой афразийских языков – как древних, так и современных – является трёхсогласный корень глагола структуры CVCVC. Лексическое значение в такой структуре имеют именно согласные: они составляют собственно корень. С помощью замены корневых гласных, а также суффиксальной и префиксальной флексии формируются различные грамматические значения (в западной литературе эта система обычно именуется root and pattern ‘корень и рисунок’). Наиболее характерными языками с данной моделью являются семитские и древнеегипетский.
Сравнение с другими семьями афразийских языков показывает, что древнейшей корневой структурой глагола, по-видимому, являлась двухсогласная, вида CVC, где вторую и третью позиции могли занимать сонанты. В дальнейшем – вероятно, на этапе непосредственно перед распадом афразийской общности или на раннем этапе существования языков-потомков – с помощью лексикализовавшихся словообразовательных приращений или удвоения второго согласного возросло количество трёхсогласных корней. Редукция ларингальных и сонорных звуков в берберских, чадских и кушитских языках привела к росту числа вторичных двухсогласных корней.