Шапка Мономаха легла на голову слабого умом Федора и – придавила его своей тяжестью. Всеми делами при нем заправляла группа придворных, интриговавших друг против друга и использовавших его как ширму. Самым умным и дальновидным из правящей клики оказался Борис Годунов, постигший алгебру и гармонию деспотического режима в его высшей академии: в ведомстве Мал юты Скуратова. Женившись на дочери Мал юты, Годунов обеспечил себе быструю карьеру. Выдав свою сестру Ирину за царевича Федора, он еще больше укрепил свое положение.
Федор и Ирина детей не имели. Наследником престола числился третий сын Ивана Грозного, малолетний Димитрий. Годунов сослал его вместе с матерью Натальей, из рода Нагих, в Углич, так как сам мечтал о царском венце.
В 1591 году в Угличе произошло несчастье – при загадочных, вернее не до конца выясненных обстоятельствах. По версии официального заключения комиссии Василия Ивановича Шуйского, которой Борис Годунов поручил расследование случившегося, у девятилетнего царевича, при игре «в ножички», произошел приступ падучей болезни; падая, он напоролся на нож и погиб. По другой версии – наиболее вероятной – царевич был зарезан подосланными убийцами. Так позднее заявлял тот же Шуйский. И, наконец, известна версия, по которой царевич спасся, чтобы потом занять российский трон. Само существование столь разных версий ясно говорит о том, какие страсти бушевали вокруг царского венца— предмета вожделений для очень многих и очень разных претендентов.
Согласно «общественному мнению» современников, идя к своей цели, Годунов совершал новые и новые злодейства. Через год после гибели Димитрия у царя Федора и Ирины родилась-таки дочь Феодосия. Девочка не прожила и года. При уровне детской смертности тех времен естественный характер ее смерти более чем вероятен. Но, как писал историк С.М. Соловьев, «в Москве плакали и говорили, что царскую дочь уморил Борис». Другой наследницей престола могла быть дочь Владимира Старицкого Марфа. Выданная замуж за Ливонского короля, она рано овдовела и вернулась в Россию. Ее устранили с дороги пострижением в монахини, что означало смерть для мирских дел; молва твердила, что пострижение было насильственным. Дочь Марфы Евдокия умерла в нежном возрасте, что опять-таки породило слухи, что ее «извели» по наущению Годунова.