Бог как автор судьбы героев и свидетель происходящего не выходит в романе Булгакова на сцену сам (в отличие, например, от Пушкина, у которого в «Гавриилиаде» Бог присутствует в сцене приема Архангела Гавриила в тронном зале, или как у Гёте в «Фаусте» – в «Сцене на небесах»). Бог может оставаться и неузнанным (однако, в одном из эпизодов романа – в театре Варьете – именно Ему может принадлежать одна из реплик с галерки – об оторванной голове – как перифраз из «Бытия» Моисея). В конце романа место «наверху» занимает у Булгакова сам Иешуа, обнаруживая свое присутствие в царстве Света как владыки высших пределов (который умеет, однако, договариваться и с самим Дьяволом).
Печать трагической амбивалентности Добра и Зла лежит, таким образом, на всем в романе Булгакова. На протяжении всего повествования Воланд у Булгакова (дух Тьмы, Зла и повелитель Теней) является как бы пастырем души Маргариты, которая – по всей логике романа – после смерти должна была бы обрести ад (или инквизицию), поскольку вступила в договор с дьяволом, но обрела Мастера и вечную жизнь с ним, и не в подвальчике на Арбате, а в «вечном доме» с «венецианскими окнами». Это Владыка Света Иешуа распорядился судьбами героев. В сцене, в которой посланник Иешуа – Левий Матвей – является к Воланду с просьбой от Иешуа – дать, наконец, покой Мастеру и Маргарите, который они заслужили, решение исходило от Иешуа, но с выполнением самой миссии – обратиться с просьбой к Воланду – должен был Левий Матвей, один из «избранных»: «Он <Иешуа> прочитал сочинение мастера, – заговорил Левий Матвей, – и просит тебя <Воланда>, чтобы ты взял с собою мастера и наградил его покоем. Неужели это трудно тебе сделать, дух зла?
– Мне ничего не трудно сделать, – ответил Воланд, – и тебе это хорошо известно. – Он помолчал и добавил: – А что же вы не берете его к себе, в свет?
– Он не заслужил света, он заслужил покой, – печальным голосом проговорил Левий. – Он просит, чтобы ту, которая любила и страдала из-за него, вы взяли бы тоже, – в первый раз моляще обратился Левий к Воланду» (гл. 29).
Иешуа у Булгакова как олицетворение верховной власти вступился за Мастера и Маргариту, объявив свою волю и подарив им жизнь вечную в тех пределах, которые, по описанию Булгакова, схожи если не с Раем, то явно с Чистилищем. По крайней мере, Воланд намекает на то, что Фауст тоже обитает где-то там же, в этих же пределах (создавая там своего гомункула). Как известно, Гёте также решил судьбу своего Фауста, у которого по воле самого Бога ангелы забирают его душу и уносят с собой в Рай.