Со временем ученый значительно расширил сферу научных исследований в связи с давнишним интересом к немецкой науке о народах – этнологии и народоведению. Историографический разворот стал проекцией прежних научных штудий Маркова: «…я много занимался историей первобытного общества, читал общие курсы, смотрел много литературы, в частности немецкой. И я увидел, что русская этнография много заимствовала из немецких подходов, и поэтому я захотел углубиться в немецкую науку, прежде всего этнологию» (Интервью… С. 27). Нельзя сбрасывать со счетов и изменение социополитического и культурного контекста в начале 1990-х годов, расширившего степень интеллектуальной свободы, в результате чего оказалось возможным изучение ранее табуированных тем и сюжетов.
Результатом многолетней работы стала публикация трех монографий: «Очерки истории науки о народах. Немецкая этнология» (М., 1993), «Очерки истории науки о народах. Немецкое народоведение» (М., 1993) и «Немецкая этнология» (М., 2004), а также ряда научных статей. По существу, это был первый не только в отечественной, но и в мировой этнографии квалифицированный очерк становления и развития одной из сильнейших этнологических школ мира – германской.
На протяжении многих лет Г. Е. Марков читал лекционный курс по «Истории первобытного общества». Теоретические наработки и концептуальные подходы в этой сфере профессор обобщил в учебном пособии «Первобытное общество» (М., 2009). Вскоре после этого были переизданы в дополненном и расширенном виде монографии «Кочевники Азии. Структура хозяйства и общественной организации» (М., 2010) и «История хозяйства и материальной культуры» (М., 2010).
Колоссальный научный потенциал профессора Маркова сочетался с талантом организатора науки. С 1973 по 1986 год он возглавлял кафедру этнографии исторического факультета МГУ, профессором которой состоял практически до последних дней жизни. В 70–80-е годы продолжалась работа по дальнейшему совершенствованию подготовки специалистов-этнографов в Московском университете. Этнографическое образование опиралось на принципы, заложенные С. П. Толстовым, Н. Н. Чебоксаровым, С. А. Токаревым и восходящие еще к «анучинской» школе. Марков с присущей ему сдержанностью и скромностью считал своим главным достижением на посту заведующего как раз тот факт, что ему удалось «