Задача рыбных ферм ничем не отличается от задачи агропромышленных: произвести наибольшее количество мяса при наименьших издержках. На рыбных фермах животные содержатся в такой тесноте, которая редко имеет место в диких условиях. Как следствие, рыба может заболеть или заразиться, а обычно это влечёт за собой интенсивное применение антибиотиков, противомикробных препаратов и других фармацевтических средств.
Последствия таких агрессивных мер для экосистемы обширны и серьёзны, и нам остаётся только гадать, насколько серьёзными они являются для отдельного животного. Жизнь в тесноте и плохих условиях, загрязнение воды и вспышки инфекций могут вызывать у рыб стресс, страх, дискомфорт и боль. Но наибольшие опасения вызывают благополучие морских обитателей в целом, отрицательное воздействие на окружающую среду и ущерб, причиняемый диким рыбам.
Мусор, комочки пищи и остатки химических препаратов с рыбных ферм представляют серьёзную угрозу для экологически уязвимых областей, к которым относятся мангровые болота, прибрежные эстуарии[2] и пути миграции лосося. Непереработанный мусор попадает напрямую в океан, что оказывает влияние на флору и фауну, а также на качество воды. Деятельность рыбных ферм также вызывает вредоносное цветение воды, распространение вырабатывающих яд водорослей, которое может привести к массовой гибели рыб, ракообразных, морских млекопитающих, морских птиц и других животных, использующих эти водоросли в пищу.
Основным аргументом в пользу рыбоводных хозяйств является защита диких рыб. Удивительно при этом, что сами рыбные фермы могут негативным образом влиять на дикие популяции хищных рыб и морских млекопитающих, так как разводимым хищным рыбам требуется от 0,9 до 2,3 кг дикой рыбы, чтобы набрать 0,5 кг веса. К тому же искусственно выращиваемые рыбы могут сбежать, заражая диких рыб инфекциями, морскими вшами и другими паразитами. Когда чужеродные виды рыб выплывают в близлежащие воды, они могут истощить естественную популяцию в борьбе за пищу и место обитания.
Более того, рыбная отрасль активно экспериментирует с генной инженерией. Хотя такая продукция ещё не получила доступа на рынок, в данный момент лососёвые, креветки и моллюски подвергаются генетическим модификациям. Например, атлантическому лососю добавили гены чавыча (другого вида лосося), чтобы он достигал рыночного веса в два раза быстрее. Генетически модифицированная рыба, которой удаётся ускользнуть из садков, что часто происходит на рыбных фермах открытого типа, представляет серьёзную угрозу для естественных видов в случае их скрещивания.