В марте 1918 года Колесов лично возглавил организованный им поход по захвату Бухарского эмирата и установлению там Советской власти, окончившийся полным провалом. Позже V Туркестанский съезд Советов осудил Колесова за кампанию против Бухары, возложив на него всю ответственность за неудачу. Недовольство Ф. И. Колесовым в руководстве республики и Ташкентского Совета непрерывно нарастало.
С самого начала в правительстве Туркестанской республики начались разногласия между большевиками и эсерами, которые пытались придать действиям коммунистов хотя бы видимость законности. Положение в Ташкенте и Туркестане осложнялось нарастающей угрозой голода. С лета 1918 года прекратился подвоз продовольствия из Центральной России. Хлебный паек в Ташкенте постоянно сокращался. В городах вспыхнули массовые эпидемии холеры и тифа. Все это вызывало резкое недовольство различных слоев населения.
Еще с царского времени в Ташкенте большой процент местного русскоязычного населения составляли офицеры и члены их семей, чиновники колониальной администрации. После революции и последующего развала фронта сюда стали возвращаться многие офицеры-туркестан-цы. С начала 1918 года в Ташкенте и ряде других городов Закаспия сформировалась и начала действовать подпольная офицерская организация «Туркестанский союз борьбы с большевизмом», позже названная «Туркестанская военная организация» (ТВО), под руководством полковника П. Г. Корнилова (родного брата генерала Л. Г. Корнилова), полковника И. М. Зайцева, генерал-лейтенанта Л. Л. Кондратовича, горного инженера П. С. Назарова, Е. П. Джунковского, начальника ветеринарного управления Туркестана, полковников Блаватского и Руднева, готовившая восстание по свержению Советской власти в Туркестане. ТВО имела отделения практически во всех крупных городах края: Асхабаде, Красноводске, Самарканде, Коканде и наладила связь с Дутовым, Деникиным и представителями английского командования в Персии, откуда получала финансирование. В это же время в Ташкенте под прикрытием британской дипломатической миссии активно действует резидент английской разведки полковник Ф. М. Бейли.

Офицеры 28 полка легкой индийской кавалерии в Мешхеде. Фото июнь 1918 г.
В Асхабаде (современный Ашхабад), Мерве (современный Мары), Кизил-Арвате и ряде других городов Закаспия в тот период основной политической силой были эсеры и меньшевики, а большевики, хотя и контролировали Совдепы, особым авторитетом среди населения не пользовались. В конце апреля Асхабадский Совет был распущен, и власть в крае перешла к ревкомам, полностью состоящим из большевиков. В конце июня 1918 года в Асхабаде начались волнения и митинги среди рабочих-железнодорожников, требовавших восстановления Советов, и вызванные подготовкой к проведению мобилизации в туркестанскую Красную армию. После попыток разгона митингов произошли вооруженные столкновения между рабочими дружинами и отрядами местных большевиков.