Несоблюдение вышеперечисленных правил является наиболее частой причиной окрашивания депульпированных зубов. Не затвердевший силер в корневом канале делает невозможным адгезию реставрационного или прокладочного материала в полости зуба. Как правило, ситуацию осложняет плохо обрезанная, обугленная гуттаперча, образующая после реставрации свободные пространства, в которых активно развивается инфекция. Причиной таких ошибок, в лучшем случае, является окрашенный зуб, однако, нередко развитие апикального периодонтита из-за распространения инфекции из полости зуба по корневому каналу.
Применение в качестве реставрационного материала амальгамы может вызывать пигментацию дентина и придавать голубовато-серый оттенок зубу.