Царь, царица и царевны «не соизволиша» на это, говорит наивно официальный акт.
Они выдали патриарху расходившегося протопопа; Иоаким созвал собор, 14 марта 1676 года произнесено было осуждение.
Кроме выходки во дворце показаны были еще следующие вины:
1) когда по изволению царскому сей злый иерей взят был на управление духовное царского дома, то он, самочинием своим и неправильно, не востребовав архиерейского благословения, восхитил самочинно духовную власть и называл себя протопопом без ставленной грамоты.
2) Вместо заступления за несчастных многим мучения и казни исходатайствовал, обличаемый в своих винах письмами от некоторых людей вправду, что с замужнею женщиною прелюбодействовал. Лучше было ему в том грехе каяться, а не обличителям пакости творить и мстить, многие из-за него были замучены и посланы в оземствование.
3) Пьянствовал с зазорными лицами, блудническими песнями услаждаясь, с приложением различных игр и бряцаний.
4) Без благословения нашего церковь сам собою воздвиг; будучи под нашим патриаршеским запрещением и ни во что его вменяя, обедню служил.
5) Вражду положил между царем и нами, патриархом, не хотя себя видеть от нас правильно обличаема, привел царя на то, что не хотел ходить в соборную церковь и к нашему благословению.
6) Восхитил от живого мужа жену и нуждою ее в супружество другому мужу отдал и в отчине своей священнику неволею приказал их венчать, потом у второго мужа отнял ее, прелюбодействовал с нею, а первого мужа безвинно в дальнее оземствование послал, в темнице в оковах держать велел.
Савинов был лишен священства и сослан в Кожеезерский монастырь.
Поэтому и неудивительно, что патриарх Иоаким в начале царствования Феодора Алексеевича был в числе фактических правителей государства наряду с Иваном Милославским.
В конце апреля 1682 года Иоаким уже был во главе совершивших дворцовый переворот, в результате которого царём был объявлен младший брат покойного Феодора Алексеевича – царевич Петр Алексеевич.
25 июня 1682 венчал Петра и его старшего сводного брата Иоанна Алексеевича на царство.
В 1686 исходатайствовал царскую грамоту о неподсудности лиц духовного сана гражданским властям.
В 1687 установил общую для всех епархий норму церковных даней и пошлин.
Решительно противодействовал планам коронации Царевны Софьи, что породило в среде её партии план низложения (и даже убийства) Иоакима и возведения на Патриарший престол Сильвестра Медведева.