В этом же возрасте отрок Иоанн, при помощи отца, начал учиться грамоте. Но грамота вначале плохо давалась мальчику. Это его печалило, но это же подвигло и на особенно горячие молитвы к Богу о помощи. Когда отец его, собрав последние средства от скудости своей, отвез его в Архангельское приходское училище, он, особенно остро почувствовав там свое одиночество и беспомощность, все утешение свое находил только в молитве. Молился он часто и пламенно, горячо прося у Бога помощи. И вот, после одной из таких горячих молитв, ночью, он чудесно получил свыше способности к учению.
«Ночью я любил вставать на молитву, – рассказывал впоследствии о. Иоанн. – Все спят… тихо. Не страшно молиться… и молился я чаще всего о том, чтобы Бог дал мне свет разума на утешение родителям. И вот, как сейчас помню, однажды был уже вечер, все улеглись спать. Не спалось только мне: я по-прежнему ничего не мог уразуметь из пройденного, по-прежнему плохо читал, не понимал и не запоминал ничего из рассказанного. Такая тоска на меня напала: я упал на колени и принялся горячо молиться…
Не знаю, долго ли я пробыл в таком положении, но вдруг точно потрясло меня всего. У меня точно завеса спала с глаз, как будто раскрылся ум в голове, и мне ясно представился учитель того дня, его урок; я вспомнил даже, о чем и что он говорил. И легко, радостно так стало на душе. Никогда не спал я так спокойно, как в ту ночь. Чуть засветлело, я вскочил с постели, схватил книги… и, – о счастье, – читаю гораздо легче, понимаю все, а то, что прочитал, не только все понял, но хоть сейчас и рассказать могу.
В классе мне сиделось уже не так, как раньше: все понимал, все оставалось в памяти. Дал учитель задачу по арифметике – решил, и учитель похвалил меня даже. Словом, в короткое время я подвинулся настолько, что перестал уже быть последним учеником.
Чем дальше, тем лучше и лучше успевал я в науках и в конце курса одним из первых был переведен в Семинарию».
С той поры отрок Иоанн стал учиться отлично: он окончил Архангельскую духовную Семинарию и был принят на казенный счет в С.-Петербургскую Духовную Академию.
Еще учась в Семинарии, он лишился нежно любимого им отца. Как любящий и заботливый сын, Иоанн хотел было прямо из семинарии искать себе место диакона или псаломщика, чтобы содержать оставшуюся без средств к существованию старушку-мать. Но она не пожелала, чтобы сын из-за нее лишился высшего духовного образования, и настояла на его поступлении в Академию.