В 1727 г. Академию разместили сначала в пристроенных к дому А.В. Кикина мазанках, а в 1733 г. и вовсе перевели на Васильевский остров, в бывший дом князя А. Долгорукого, стоявший на месте нынешней Академии художеств. В 1752 г. ее преобразовали в Морской шляхетский кадетский корпус. Академия существует и поныне – это расположенный на набережной Лейтенанта Шмидта на Васильевском острове Морской корпус Петра Великого.
В бывшем доме А.В. Кикина располагалась и основанная 2 января 1721 г. указом Петра I типография Морской академии. Работало в ней 16 человек, а печатались в типографии инструкции, регламенты, учебные пособия для учащихся Морской академии, атласы. Находилась типография здесь до 1753 г., когда ее перевели в здание Морского кадетского корпуса на Васильевском острове.
Ассамблея при Петре I. Худ. С. Хлебовский. 1858 г.
В 1722 г. в ней напечатали первый русский учебник по механике, составленный Г.Г. Скорняковым-Писаревым, «Наука статистическая, или Механика». В 1731 г. в типографии напечатан первый атлас и лоция Каспийского моря, подготовленные Ф.И. Соймоновым. А в 1748 и 1753 гг. издано фундаментальное руководство С.И. Мордвинова по навигации «Книги полного собрания о навигации»
Ф.М. Апраксин в 1727 г. поручил исполнение своей должности вице-президенту Адмиралтейств-коллегии Сиверсу и уехал в Москву. Там на следующий год он умер и похоронен на кладбище московского Златоустовского монастыря. Свой дом после смерти Федор Матвеевич завещал Петру Алексеевичу, внуку Петра I и будущему императору Петру II. Однако тот предпочел перебраться в Москву, так что дом несколько лет пустовал.
В январе 1730 г. Петр II заболел оспой и скончался. По завещанию Екатерины I, в этом случае на престол должна взойти дочь Петра I – Елизавета Петровна. Но за короткий период царствования Петра II многое изменилось. Ушло в прошлое былое влияние светлейшего князя А.Д. Меншикова. Он был удален Петром II от власти – лишен чинов и званий, лишен состояния и сослан вместе с дочерьми в далекую Сибирь, на реку Сосьву, где и умер в 1729 г. Сбылись пророческие слова Петра I: «Меншиков в беззаконии зачат, во гресех родила мать его, и в плутовстве скончает живот свой, и если не исправится, то быть ему без головы».
Власть прибрал к рукам Верховный тайный совет, члены которого предпочли посадить на престол не Елизавету, а племянницу Петра I, вдовствующую герцогиню Курляндскую Анну Иоанновну (Ивановну). Ее воцарение было оговорено рядом условий («Кондициями»), которая Анна Иоанновна должна подписать, ими беспрецедентно ограничивалась власть императрицы в пользу Верховного совета.