Из северной Палестины благочестивые путешественники совершили путешествие в Антиохию и далее – посетили киликийские обители. Антиохия, или Феополь, Ливан, гора Росс, Селевкия, Эги, Таре и Аназарв – вот та новая нива, где они собирали благоухающие цветы. Это происходило около 603 года. Может быть, они продлили бы здесь свое пребывание, может быть, даже направились бы в Месопотамию, но с Востока уже поднималась гроза в виде нашествия персов. Действительно, Хозрой в скором времени взял и разрушил Мердин, Дару, Амиду и Эдессу; прорвавшись через Евфрат, овладел Гиерополем, Халкидой и быстро явился под стенами Антиохии. Вскоре Палестина и самый Иерусалим очутились в руках неверных. Патриарх Захария вместе с животворящим древом креста Господня отправлен был в плен в Персию. Девяносто тысяч христиан были избиты варварами. Беглецы из Палестины спешили толпами в Египет, где их радушно встречал и спешил оказать всевозможную помощь сострадательный патриарх Александрийский Иоанн. Туда же, западным берегом Палестины, направились наши путники, посетив по дороге приморскую Кесарию, Газу и Аскалон.
После утомительного путешествия по аравийской пустыне они достигли священного Синая. Проведя здесь несколько времени в подвигах молитвы и богомыслия, они обошли пустыни Синайскую, Фаран, Раиф и, встречаясь с великими старцами, собирали сведения о великих подвижниках ужасных пустынь. Наконец, путники через Клизму на берегу Суэцкого перешейка прошли в Египет и явились в Александрии около 607 года, в патриаршество Иоанна Милостивого. Иоанн Мосх уже хорошо знаком был с положением дел в Александрийской Церкви, волнуемой различными ересями. Патриарх с радостью принял просвещенных и благочестивых гостей, которые оказались его ревностными помощниками в борьбе с еретиками. В жизнеописании Иоанна Милостивого епископ Кипрский Леонтий весьма сочувственно отзывался о плодотворных трудах Мосха и Софрония: «По его (патриарха) желанию, Бог послал ему мудрых и достопамятных мужей Иоанна и Софрония. Они были для него верными советниками, которым внимал он, как отцам, и благодарил их, как мужественных воинов, подвизавшихся за благочестие и веру. Руководимые Духом Святым, они мудро боролись с северианами и другими нечестивыми еретиками. Много скитов, храмов и обителей они исторгли из пасти этих зверей, подобно добрым пастырям. Этим-то они и заслужили особое уважение патриарха».