Не успела ошарашенная вдова начать оплакивать мужа, как в квартиру нагрянули агенты царской охранки с обыском: они забрали все оборудование из лаборатории, каждый лист, исписанный рукой ученого, и… его тело.
Спустя несколько дней после трагической гибели профессора в прессе вдруг появилось его предсмертное письмо, которое он отправил в редакцию газеты «Санкт-Петербургские ведомости» накануне гибели – 11 июня 1903 года. Письмо произвело эффект разорвавшейся бомбы, ведь в нем Филиппов довольно подробно изложил предпосылки создания и принцип действия своего изобретения: «…Как это ни удивительно, но на днях мною сделано открытие, практическая разработка которого фактически упразднит войну. Речь идет об изобретенном мною способе электрической передачи волны взрыва, причем – судя по примененному методу – передача эта возможна и на расстояние тысяч километров. Так что, сделав взрыв в Петербурге, можно будет передать его действие в Константинополь. Способ изумительно прост и дешев».
В 1872 году французы Памар и Ковилль обнаружили явление детонации на расстоянии – детонацию через влияние. Через два года инженер-полковник А. Шуляченко (умерший, кстати, за тринадцать дней до гибели Филиппова) и капитан Конюхов не только исследовали это явление, но и установили способность динамита детонировать через влияние как в воздухе, так и под землей и в воде. Но расчеты показывают, что в условиях земной атмосферы даже при заряде взрывчатки в десять тонн дальность не превышает нескольких десятков метров. А ведь Филиппов говорил о передаче «волны взрыва» на тысячи километров! Может быть, ученый изобрел какую-то секретную «трубку», «мост», по которому пройдет ударная волна, не теряя своей энергии на преодоление сопротивления среды?
Через некоторое время после загадочной смерти Филиппова на окраине Петербурга произошел взрыв сразу трех домов. По городу поползли слухи, что это воздействие таинственного аппарата Филиппова, мол, один полицейский случайно задел некий прибор в доме ученого, когда проводили осмотр места происшествия. Журналисты выяснили, что за месяц до смерти Михаил Филиппов ездил в Ригу, где проводил какие-то эксперименты и остался очень доволен их результатом.
Как ни старалась полиция, замять «дело Филиппова» было уже невозможно. Общественность все больше шумела, требуя найти убийц ученого. Тело физика несколько дней находилось в Мариинской больнице, затем его, наконец, передали родным с официальным заключением, что причиной смерти стал апоплексический удар. Такой ответ никого не устроил, но полиция отказалась возбуждать дело о насильственной смерти, и спустя две недели Михаил Филиппов был похоронен на Литературных мостках. Правда, на этом загадочные происшествия вокруг его смерти не закончились.