Но преп. Феодор и слышать не хотел о предстоятельстве в Саккудионе. К категорическому отказу побудили его чувства глубокого смирения и скромности, а также понимание важности и трудности настоятельства в монастыре. Преп. Феодор, несмотря на постоянное восхождение в добродетели, избегал всякой чести и желал оставаться на последнем месте в Саккудионском братстве; игуменская власть представлялась ему тяжелым бременем, превосходящим его слабые духовные силы. В оценке значения игуменства преп. Феодор опирался на авторитет св. Григория Богослова, который признавал науку управления людьми более трудной, чем умение подчиняться[68]. К тому же власть игумена должна проявляться относительно мужей, постепенно усовершающихся в добродетели, она простирается не только на их дела и речи, но и сокровенные помыслы и тайные душевные состояния. А руководительство и врачевание в этом направлении требуют большого знания души человеческой, опыта, самого тщательного наблюдения за монастырской дисциплиной, ума, достигшего отрешенности от земли и плоти. Не признавая за собой таких духовных достоинств, преп. Феодор умолял дядю не облекать его высокими полномочиями игуменства и поставить его смиренномудрие выше обычной покорности. Игумен Платон уступил просьбе преп. Феодора, но затем благодать Божия промыслительно привела святого подвижника к пастырскому возвышению, дабы он светом своих блистательных дел сиял всему Саккудионскому монастырю и даже далеко за пределами его[69].
В 794 году игумен Платон опасно заболел. Предчувствуя кончину, он устроил собор (σύνοδον) всех своих духовных сынов, сказал им о своей серьезной болезни, дал несколько наставлений относительно монастырской жизни и просил избрать нового предстоятеля священной обители. Совещание братства было непродолжительно. Иноки в один голос (μια φωνή) назвали своим игуменом Феодора. Тогда Платон вызвал его на средину собрания и постарался склонить к принятию власти. Он дал понять, что болезнь его смертельна, указал на то, что в игуменство преп. Феодора избрали единогласно всем духовным собором (πνευματικός σύλλογος) братьев во Христе, отметил, что в этом выразилось общее желание и воля братства. Преп. Феодор был в затруднении, болезнь его духовного отца Платона, уставное избрание всем Саккудионским братством с игуменом во главе убедили преп. Феодора подчиниться общему единодушному решению, и он вопреки своей воле принял игуменскую власть. Однако сознание собственного недостоинства, страх за свою немощь и трепет от предстоящей ответственности были присущи преп. Феодору в течение всего его игуменства сперва в Саккудионе, потом в Студийском монастыре и составляли характерный мотив его огласительных поучений. Любопытно отметить, что избрание преп. Феодора в игуменское звание произошло в соответствии с господствовавшим в Византии порядком избрания настоятелей – путем решения вопроса на собрании всего монастырского братства. Этой чести преп. Феодор был удостоен на тридцать пятом году своей жизни, после тринадцатилетнего пребывания в монастыре